立法院審議99年度經濟部主管預算案及經濟部所轄財團法人預算案時作成決議，仰賴政府補、捐助之財團法人，接受政府補助金額超過50％時，預算書須送立法院審議。惟部分財團法人似有以低估政府補助收入方式，規避預算書送立法院審議之決議，說明如下：
(一)立法院決議內容
1.立法院審議99年度經濟部主管預算案時，作成決議第(五)項：「仰賴政府補、捐助之財團法人，因該財團法人於設立時，政府捐助基金未超過50％，其預算不受監督且不需公開其財務資訊，政府補助經費運用監督明顯不足。為有效監督其經費運用之效益，特要求經濟部規範凡政府補助金額超過年度預算50％以上之財團法人，均須提報其預算書送立法院審議並須公開其預、決算等相關財務資訊。」
2.立法院審議99年度經濟部所轄財團法人預算案時，作成通案決議第(三)項：「鑑於外貿協會及資策會，均由政府捐助之比率各為50％及38.61％，因為未超過50％，因此得以規避預算法第41條送審之規定。基於政府捐助基金之比率與該財團法人每年接受政府預算經費之多寡，並無絕對必然之關係，前開規定實無法真正達到監督政府預算目的。經查外貿協會與資策會，兩單位每年分別承受政府二、三十億元左右龐大之經費，並代替政府執行重要政策任務，實應將預算送立法院審議，確保立法院有效監督政府相關施政。故建議經濟部應重啟調查，凡政府補助超過年度預算50％以上者，均應製作預算資料送交立法院經濟委員會，並進行業務報告，接受立法院民意監督。」
依上開立法院決議，接受政府補助超過50％之經濟部所轄財團法人，預算書應送立法院審議。
(二)部分財團法人倚賴政府委辦收入程度甚深，似有以低估政府補助收入方式，規避預算書送立法院審議之決議
經濟部所轄財團法人紡織產業綜合研究所：政府捐助比率為50％，因未超過50％，預算書原無須送立法院審議。惟該財團法人以前年度政府補助收入比率超過50％，依立法院決議編製預算書送審議，例如103年度預算政府補助收入比率為50.86％。而104年度預算政府補助收入比率降為48.20％，故預算書未送立法院審議，僅編製營運及資金運用計畫送立法院。惟該所如加上政府委辦收入，104年度政府委辦及補助收入占總收入比率為56.84％，顯示仍多倚賴政府財源。
經濟部所轄財團法人商業發展研究院：政府捐助比率為44.33％，因政府補助收入比率超過50％，始須編製年度預算書送審，例如103年度預算政府補收入比率為50.78％；而104年度預算政府補助收入比率降為37.15％，故預算書未送立法院審議，僅編製營運及資金運用計畫送立法院。惟該財團法人104年度預算如加上政府委辦收入，合計政府委辦及補助收入占總收入比率高達85.25％，高度仰賴政府財源（詳附表3.3.1）。
(三)主管機關對於無須送年度預算書至立法院審議之財團法人，監督強度相對低
各主管機關依相關規定辦理行政監督之對象為政府捐助基金比率原始或累計超過50％之財團法人、日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人及依立法院決議，須將年度預算書送立法院審議之財團法人。故無需編製預算書送審議之財團法人，未將其納為行政監督之對象。
又本院所作決議，主管機關亦未要求預算書無須送審之財團法人遵循辦理。例如本院102年度決議政府捐助之財團法人獎金發放比照公務人員標準2.5個月，經濟部103年1月修正之「經濟部主管政府捐助成立之財團法人獎金發放原則」，列舉該原則適用之財團法人名單，係成立當時或累計由政府捐助之財產逾其財產總額之50％者為限，可知，主管機關對於無須送年度預算書至立法院審議之財團法人，監督強度相對較低。
綜上，依立法院決議，經濟部所轄財團法人，其政府原始或累計捐助基金比率未超過50％者，倘接受政府補助超過年度預算50％以上時，預算書應送立法院審議，其旨在於強化對財源高度仰賴政府之財團法人之監督，因此，應採實質認定，而不應僅以「補助收入」科目作為衡量是否送本院審議之基準，對於政府補助收入及委辦收入合計高占比達50％之財團法人，仍應將預算書送本院審議，較符本院決議之精神。
附表3.3.1：經濟部所轄財團法人104 年度預算書無須送審惟高度倚賴政府財源情形表 單位：％；新臺幣千元
財團法人名稱
政府捐助
占基金比率
政府補助收入(1)
政府委辦收入(2)
總收入(3)
政府補助比率(1)/(3)
政府委辦與補助比率[(1)+(2)]/(3)
原始捐助
累計捐助
紡織產業綜合研究所
50.00
0.43
502,008
90,000
1,041,568
48.20
56.84
商業發展研究院
44.33
44.33
118,500
153,442
319,000
37.15
85.25
食品工業發展研究所
23.69
23.69
355,058
161,084
762,112
46.59
67.73
資訊工業策進會
38.61
38.61
1,957,000
1,103,000
4,277,741
45.75
71.53
台灣創意設計中心
20.69
32.35
16,672
271,952
350,850
4.75
82.26
※註：1.資料來源，中央主管機關提供，本研究彙整。