依「財團法人依法預算須送立法院之預算編製注意事項」規定，各主管機關對所主管財團法人之預算，就其設立目的、業務需要、營運績效、投資效益及財務狀況等詳予評估，切實審核。復依「政府捐助之財團法人財務監督要點」第3點規定，主管機關應督促財團法人確實依財團法人依法預算須送立法院之預算編製注意事項規定編製預算，預算內容應依其業務性質妥作說明，並詳實表達。主管機關應依前項注意事項規定，確實審核財團法人預算，並於規定時程內函送立法院。
政府捐助成立財團法人之目的，係為借助民間團體順利推動政事或負有特殊政策任務，應以企業化經營效率規劃人力需求與運用，若用人費用偏高而不合理，除有浪費政府捐助或補助資源之嫌外，亦將排擠業務推動所需之經費，惟部分財團法人用人費用有偏高之情形，說明如下：
(一)部分財團法人之平均每人用人費用達百萬元以上
政府捐助財團法人用人費用之內容，包括薪資、獎金、超時工作報酬、津貼、退休金、資遣費及勞、健保險費與福利費等項目。
103年度計有35家中央政府捐助之財團法人平均每人用人費用決算數達百萬元以上(詳附表3.4.1)，最高者為經濟部所轄台灣機電工程服務社，平均每人用人費用172.24萬元、其次為金管會所轄證券投資人及期貨交易人保護中心，平均每人158.04萬元以及金管會所轄保險安定基金，平均每人156.07萬元。
104年度預算部分，平均每人用人費用最高者則分別為金管會所轄證券投資人及期貨交易人保護中心平均每人185.14萬元、保險安定基金平均每人164.65萬元以及經濟部所轄中小企業信用保證基金平均每人158.63萬元。
(二)用人費用與民間產業薪資水準相較，似有偏高
參考民間企業平均每年用人成本包括年薪、勞、健保費、勞工退休金、年資負債、有薪休假及員工福利等，企業實際負擔成本通常以員工月薪之20倍估算，約為全年12月之1.67倍。
依據勞動部103年度職類別薪資調查報告，103年7月各業受雇員工平均每人月經常性薪資為3萬8,528元，全年12月為46萬2,336元，以1.67倍推估每人用人費用，約為77萬2,101元，而部分財團法人之用人費用平均每人達百萬元以上，與民間薪資水準相較，似有偏高。
(三)行使公權力或代行政府特定政策任務之財團法人，平均每人用人費用卻高於科技研發型財團法人，薪資水準偏高而不合理
行政院前為期對財團法人薪資事宜作適當監督，訂定「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」，訂有董事長、經理人、新進專任顧問與專業技術人員之薪資上限，並對例外情況如稀少性、羅致不易或專長特殊等因素給予彈性規定，並授權主管機關得視實際需要訂定較嚴格之規定。
以經濟部為例，行政院核定「經濟部主管之『高科技研發領域』財團法人董事長或經理人及其他從業人員每月薪資上限基準」，行政院核定各項職務薪資上限分別為25萬元至45萬元，至其他從業人員正級人員，經濟部核定薪資上限為19萬元。經濟部所轄財團法人工業技術研究院(以下簡稱工研院)以加速科技研發創新，提升產業競爭力為設立宗旨，屬高科技研發領域之財團法人，其董事長、經理人及其他從業人員等員工薪資超過規範基準時，均依規定報行政院或經濟部核定，故用人費用應相對較高。工研院103年度用人費用決算數平均每人129.69萬元，104年度預算數平均每人129.12萬元。
查部分財團法人平均每人用人費用卻高於科技研發型之工研院，其員工整體薪資費用明顯偏高。例如陸委會所轄財團法人海峽交流基金會受政府委託處理兩岸交流所衍生各項事務，103年度平均每人用人費用130.68萬元，較工研院為高；金管會所轄財團法人係行使公權力有特定收入來源，且管理階層薪資基準未超過行政院規定須報核之上限，無須報院或報主管機關核定薪資基準(未超過19.05萬元)，惟平均每人用人費用卻高於工研院，103年度用人費用決算數保險安定基金平均每人156.07萬元、汽車交通事故特別補償基金平均每人148.58萬元、住宅地震保險基金平均每人140.57萬元。
(四)部分財團法人高度仰賴政府挹注經費，且營運收支虧損，用人費用仍達每人百萬元以上
部分財團法人高度仰賴政府挹注且營運虧損，其用人費用平均每人達百萬元以上，例如文化部所轄中央廣播電臺103年度決算數之政府委辦與補助收入占總收入比率89.01％，虧損1.02億元，平均每人用人費用112.92萬元；科技部所轄國家同步輻射研究中心103年度決算數之政府委辦與補助收入占總收入比率98.68％，虧損0.6億元，平均每人用人費用150.98萬元；陸委會所轄海峽交流基金會103年度決算數之政府委辦與補助收入占總收入比率72.66％，虧損0.17億元，平均每人用人費用130.68萬元(詳附表3.4.1)。
顯示部分財團法人之財源高度仰賴政府捐補助及委辦收入挹注財源，收支又未能維持平衡，用人費用仍達每人百萬元以上，核有欠當，允宜檢討訂定合理之薪資標準。
附表3.4.1：平均每人用人費用達百萬元以上之政府捐助財團法人一覽表 單位：％；新臺幣千元
主管機關
財團法人名稱
政府捐助占基金比率
103年度決算數
104年度預算數
用人費用(千元)
年底實際員工人數
平均每人用人費用(千元)
餘絀
(千元)
政府委辦與補助比率(％)
用人費用(千元)
預算員額
平均每人用人費用(千元)
衛生福利部
國家衛生研究院
100
964,036
878
1,097.99
-36,613
86.89
990,600
993
997.58
病理發展基金會
100
113,433
91
1,246.52
4,054
0
112,791
90
1,253.23
文化部
中央通訊社
100
380,999
352
1,082.38
6,320
68.26
399,180
380
1,050.47
中央廣播電臺
100
309,407
274
1,129.22
-101,938
89.01
315,352
280
1,126.26
交通部
中華顧問
工程司
94.12
53,275
45
1,183.89
103,724
0
63,660
45
1,414.67
台灣網路
資訊中心
52.63
26,559
21
1,264.71
53,331
1.30
34,627
28
1,236.68
中華航空事業發展基金會
100
8,849
6
1,474.83
-313,026
0
10,154
7
1,450.57
金管會
聯合信用卡處理中心
22.82
396,333
320
1,238.54
454,486
0
453,698
345
1,315.07
金融消費評議中心
100
67,167
61
1,101.10
45,234
0
85,487
66
1,295.26
證券投資人及期貨交易人保護中心
-
53,732
34
1,580.35
0
0
68,501
37
1,851.38
保險事業發展中心
-
120,115
118
1,017.92
-3,607
0
126,373
118
1,070.96
保險安定基金
-
65,550
42
1,560.71
-9,061
0
82,327
50
1,646.54
汽車交通事故特別補償基金
-
47,545
32
1,485.78
19,591
0
50,550
35
1,444.29
住宅地震保險基金
-
36,547
26
1,405.65
320,409
0
42,900
30
1,430.00
科技部
國家實驗研究院
100
1,576,889
1,372
1,149.34
-656
91.97
1,674,987
1,483
1,129.46
國家同步輻射研究中心
100
483,146
320
1,509.83
-59,821
98.68
508,146
324
1,568.35
教育部
大學入學考試中心基金會
98.06
61,660
61
1,010.82
28,349
4.83
66,567
62
1,073.66
陸委會
海峽交流基金會
77.61
130,678
100
1,306.78
-17,086
72.66
153,952
113
1,362.41
農委會
財團法人農業信用保證基金
90.00
85,275
61
1,397.95
63,168
0.00
90,114
62
1,453.45
經濟部
紡織產業綜合研究所
50.00
407,614
341
1,195.35
12,494
57.04
408,050
360
1,133.47
中興工程顧問社
95.83
242,679
179
1,355.75
6,598
31.64
259,335
186
1,394.27
中華民國對外貿易發展協會
50.00
1,501,432
1,325
1,133.16
458,463
46.02
1,535,807
1,344
1,142.71
台灣區雜糧發展基金會
70.00
12,145
11
1,104.09
-7,064
0
14,755
11
1,341.36
工業技術研究院
100
7,334,001
5,655
1,296.91
1,281
75.54
7,618,000
5,900
1,291.19
船舶暨海洋產業研發中心
85.92
180,113
169
1,065.76
4,601
71.42
201,493
168
1,199.36
台灣機電工程服務社
92.00
139,513
81
1,722.38
44,012
0
162,184
110
1,474.40
台灣大電力研究試驗中心
36.36
165,628
151
1,096.87
24,586
32.58
173,684
160
1,085.53
資訊工業策進會
38.61
1,827,652
1,627
1,123.33
56,843
72.94
1,986,837
1,590
1,249.58
台灣電子檢驗中心
78.95
377,388
355
1,063.06
77,577
10.31
386,224
359
1,075.83
中小企業信用保證基金
97.26
500,559
332
1,507.71
-1,488,094
0.14
561,535
354
1,586.26
台灣中小企業聯合輔導基金會
100
55,385
42
1,318.69
2,527
12.81
57,351
47
1,220.23
全國認證基金會
56.70
66,878
57
1,173.30
16,059
9.70
67,786
60
1,129.77
台灣創意設計中心
32.35
81,715
64
1,276.80
6,719
76.34
95,725
92
1,040.49
商業發展研究院
44.33
140,545
132
1,064.73
4,627
84.67
127,600
127
1,004.72
生物技術開發中心
86.67
366,719339
1,081.77
5,816
82.52
428,768
385
1,113.68
亞太智慧財產權發展基金會
10.00
11,977
10
1,197.7
5,886
0
12,995
11
1,181.36
※註：1.資料來源，中央主管機關提供，本研究彙整。
2.政府捐助占基金比率係以原始捐助或累計捐助占基金比率取較高者。
3.政府委辦與補助比率係政府委辦收入與政府補助收入占總收入之比率。
4.經濟部所轄中技社及科技部所轄光電科技工業協進會未提供資料。
(五)部分財團法人主管人數占員工人數之比率達近5成，人力結構未盡合理，允宜督促調整
1.經濟部所轄財團法人台灣手工業推廣中心：截至104年4月底止實際員工人數為49人，其中主管人數24人，占員工人數比率48.98％，將近5成。該財團法人為民國47年間設置，以輔導手工業發展為設立目的，惟時空環境變遷、經濟產業變化，設立目的已不復存在。該財團法人現行主要業務以提供國內文創商品業者銷售平台，並經營中華工藝館、國立國父紀念館紀念品中心等2個實體通路、2個網路商城及9處委託代銷據點，其辦理業務與文化部及所屬單位辦理文創產業發展之業務相近、性質相同，故主管機關經濟部除應檢討該財團法人之人力結構等問題外，亦應檢討是否予以裁撤、轉型或整併。
2.農委會所轄財團法人中正農業科技社會公益基金會：預算員額之員工人數6人（不含工讀生、工友等），主管3人，比率約50％。
3.教育部所轄財團法人中華民國私立學校教職員退休撫卹離職資遣儲金管理會：員工人數18人，其中主管人數7人，比率約38.89％。
上述資料顯示部分財團法人之主管人數比率過高，甚至有一半員工支領主管加給之情形，或組織規模小、員工人數少、業務單純之財團法人仍設置過多之主管，人力結構顯未適當，允宜檢討。
綜上，政府捐助財團法人之用人費用每人平均數普遍高於民間薪資水準，部分甚至超過科技研發型財團法人，明顯偏高不合理；高度仰賴政府經費且營運虧損，平均每人用人費用仍達百萬元以上，經費運用有欠妥適；人力結構未盡合理，規模小之財團法人半數員工支領主管加給，主管機關審核財團法人預算或人事管理之行政監督時，應注重用人成本效益，人力配置之合理性，適當控制用人費用，作為檢討年度補捐助經費之合理性與必要性之參考，以強化主管機關監督功能，發揮政府補捐助資源運用效益。