賴士葆一向鼓勵台灣發展精緻農業與支持台灣工業的發展，而關切到現有農業用地之未登記合法工廠之未來發展，遂參與工廠管理輔導法修正草案之協商，只是協商未果。針對眾所關心該法案之進度與影響，賴士葆特提出以下幾點說明：

一、對於本院有委員對法案協商不採理性討論，而是大舉發動業者要逼迫委員簽字，本席對此不循正常協商程序之行徑深表遺憾。

二、本人在政大企研所任教20年，長期關心中小企業發展，並曾輔導過逾百家中小企業，深深瞭解中小企業經營現況與問題，欲協助中小企業發展都來不及了，絕不可能會刻意打壓中小企業發展。

三、本修正草案經由協商，除條文之外，還另做出六項附帶決議，如既存未登記工廠之建築物，不違反消防、公共安全者得辦理營運許可，不受建築法相關之限制，又如適度放寬都市計畫農業區及非都市土地特定農業區、一般農業區之農牧用地供低污染工業使用，又如未登記所產生或衍生之未確定裁罰，應予免罰….等，如果該修正草案連同附帶決議一過，無疑是讓現有非法工廠無條件地就地合法化，將對現有合法工廠不公平。

四、貿然就地合法會造成鼓勵非法的不良示範，如果此例一開，未來任何法規比照此例，都訂定就地合法或例外條款，則台灣國土之永續發展將永遠只是空談。

五、本人支持輔導非法工廠合法化，但是若無任何配套條件與總量管制，就貿然全部就地合法，將造成台灣國土規劃、農業生態失衡。

六、有關本法修正案，本席從未要刻意阻擋，對於非法工廠問題訴求，問題不在於立法院，而是行政院應該要擬定一套處理非法工廠合法方案，不應將問題都丟給立法院。

再者，今天聲援賴士葆的環保專業人士，台灣生態聯盟召集人林聖崇，亦是行政院國家永續發展委員會委員，以及綠色陣線執行長吳東傑、綠色台灣文教基金會董事林長茂、台灣動物社會研究會理事長朱增宏、荒野保護協會秘書長張宏林都一致認為，國土政策牽涉到國家永續發展，如果從個別法規裡鬆綁，將造成台灣國土滿目瘡痍、生態浩劫。

綠色台灣文教基金會董事林長茂認為，管理絕對比沒有管理好，不受建築法規限制，直接就地合法，會造成環境污染，如果要協助輔導，應該要有配套法規，這樣的就地合法是不負責任，因為現在有很多山坡地違法，都可依循此例，都就地合法，這樣連鎖效應將造成環境生態浩劫。

綠色陣線執行長吳東傑認為，這些資訊並不是很清楚，究竟有哪些工廠，所在區位為何，立法委員不應在會期最後一天，才來作討論。

綠色公民行動聯盟副秘書長崔愫欣認為，這樣的法條雖是與中小企業有關，但排除建築法規，卻並沒有針對環境保護與生態平衡有詳整之規範，如果此例一開，許多企業都會走後門，問題只會更多、更嚴重。

最後，賴士葆認為對於台灣現有的工廠管制應朝積極調查輔導其合法，降低其對生態環境之衝擊，而非以地方民粹左右國家重大政策。