99/12/30(四) 內政、衛環與經濟聯席委員會排定「第六次江陳會談專案報告」，黃淑英委員於會中針對此次兩岸醫藥衛生合作協議內容提出質詢：

(1) 兩岸醫藥衛生合作協議要求中國對中藥材做源頭管理，亦即中國輸出中藥材到台灣時，應依台灣中藥材標準進行檢測，並檢附合格之檢驗報告。然而台灣做邊境抽驗時，如檢測結果不合格，或因不合格而遭銷毀時，其處理及後續賠償之責任歸屬，主管機關應清楚說明。

(2) 台灣將於100年開始進行邊境抽驗，相關配套措施卻仍不明。許多中藥材有嚴格保存條件，例如中藥常用的黃麻仁，一旦發芽變成大麻就無法使用、必須銷毀。又如菊花以食品等級檢驗通關，將檢驗200多項農藥，可能會因滯留海關，導致菊花供貨不及而價格大漲，損及民眾權益。未來檢驗數量將大增，海關是否有足夠能力與配套措施，目前也未看到政府有清楚說明。

(3) 此次協議也約定，未來若有重大中藥材安全事件，將相互通報。然而協議條文並未針對加強檢驗的情況明文規定，決定是否加強檢驗的主導權等於是握於中國手上。

(4) 再者，目前在人體試驗的法規上，中國落後台灣很多，要如何合作，令人質疑。再者，目前中國甚至傳出有所謂「職業藥人」的現象，經濟弱勢者成為試藥的白老鼠，然而，中國面對受試者成為職業的現象，卻不是檢討其中受試者的自願性、自主性，而是如何保障其職業，如此的情形兩邊合作後，台灣的人體試驗環境恐將向下沈淪。