自91年4月起立法院開始依據檔案管理局規定處理機關檔案目錄彙送作業，而由檔案管理局陸續進行目錄之審查、彙整與公布。機密檔案目錄，依機密檔案管理辦法第五條之規定，不予公布，其餘檔案目錄一律公布於「全國檔案目錄查詢網」，以便利民眾申請應用檔案。