國民黨立委徐志榮今天表示，目前兩岸小三通貨船並沒有暫停往來，且小三通貨船有一段從中國大陸到台灣離島的航程，但到本島後卻只看前一段自離島駛來的航程，所以貨船被視為國內航線，船員曾接觸中國大陸人士但無須辦理檢疫，恐造成防疫破口。

國民黨立委蔣萬安表示，金馬澎三個小三通港口和中國大陸之間航線屬於準國際航線，船從中國大陸港口回航時會通報金馬澎，但船有類似轉機、入港不入境的做法，船員不下船或不出管制區，因此疾管署無法對本國籍船員檢疫，移民署也無法辦理入境，健保卡就沒有註記。

徐志榮說，貨船到中國大陸港口，船員會和當地或是外籍人士接觸，船從中國大陸到離島，再回到台灣本島，因為從離島到本島屬於國內線，航運資料的通報資料都只有前一段國內線航程，所以小三通貨船無須辦理入境、檢疫的程序，船公司可能因此鑽漏洞，變成防疫破口。

徐志榮說，航港局和各單位間沒有橫向聯繫，到4月9日後才抽查，22日稽查到大金輪的一位船員沒有落實14天居家檢疫規定，「但真的只有一位嗎？」徐志榮說，金門光3月本國籍船員就有7百多人，2月到4月金門開出居家檢疫通知才八人，「真的有落實嗎？」

蔣萬安說，聽說有船商為了避免被稽查，限制國籍船員下船，繼續工作，船員無法下船休息，又有染疫風險，相關單位一定要注意他們的勞動條件，也要有完整配套，讓雇主有所依循。

交通部航港局副局長劉志鴻回應，航港局配合中央流行疫情指揮中心規定，昨天已對大金輪沒有落實居家檢疫開出罰單10萬，並持續清查有三艘船沒有完成居家檢疫，也開出三張罰單，目前為止共四張。

劉志鴻說，依照規定目前船舶入境台灣，都要誠實向相關單位申報文件，也要落實居家檢疫規定，昨天已緊急發文航商，航港局接下來會清查，從資料庫撈、跟疾管署比對相關人員入境有沒有落實居家檢疫。