行政院104年8月5日核定南部院區先期規劃報告，研究領域係依南部地區之發展特色及該院之願景進行規劃，並設定前瞻技術、光電綠能、農業生技及考古等四大研究主軸。嗣後該院提報南部院區綜合規劃報告，除納入先期規劃之內容外，經考量學術發展及科學研究，遂將研究方向調整為農業生技、循環永續及臺灣文史，並以基礎創新、探索新方向等，深化、輔助五加二產業及其他創新產業，更可將該院既有之研究能量，在南、北院區進一步擴張、延伸，惟：
(一)南部院區計畫因工程標案多次流標及缺工缺料問題，109年修正計畫期程由110年度展延至111年度
南部院區計畫總經費55.45億元，包含用地取得15.45億元、先期規劃階段作業費1.12億元及建造工程費38.88億元，辦理公共工程及興建3棟研究大樓，採分階段開發，第一階段興建公共工程及研究大樓I，第二階段興建研究大樓II、III。原計畫期程係自105年度至110年度，惟因工程標案多次流標及施工期間有缺工缺料等情事，行政院爰於109年9月2日核定修正計畫，將計畫期程由110年展延至111年。
(二)109年底刻正進行研究大樓II、III之地下室結構工程施工，惟國內缺工缺料情況尚未緩解，允宜持續管控工程進度
南部院區計畫總經費55億4,541萬7千元，截至109年度已編列預算數38億9,842萬5千元，累計執行數35億8,879萬4千元(累計預算執行率92.06%)。第一階段之研究大樓I興建工程已於109年9月竣工，109年12月取得使用執照，110年1月完工驗收。第二階段之研究大樓II及研究大樓III興建工程，109年2月決標、109年3月開工、109年底進行地下室結構工程施工，預計111年5月完工(詳表1)。據中研院表示，第一階段工程已要求承商加速提送工程結算文件；第二階段工程，將持續追蹤施工計畫書、材料送審等文件進度，同時要求承商依契約如期提送估驗計價文件，以提升預算執行率。
鑒於南部院區計畫第一階段興建工程，因缺工缺料問題導致計畫進度落後，爰修正計畫並展延計畫期程，第二階段興建工程雖已決標開工，惟國內缺工缺料情況尚未緩解，中研院允宜持續管控工程進度，俾利如期如質完工。
綜上，南部院區計畫因工程標案多次流標及缺工缺料問題，109年修正計畫期程由110年度展延至111年度，109年底進行研究大樓II、III之地下室結構工程施工，惟國內缺工缺料情況尚未緩解，允宜持續管控工程進度，俾利如期如質完工。
表1 南部院區計畫之規劃期程與實際期程表
工作項目
細部工程
109年修正計畫之規劃期程(年.月)
實際期程
(年.月)
E區整體規劃及研究大樓I建築設計
完成招標
106.09
106.09
完成設計
107.06
107.06
研究大樓I興建工程
完成招標
107.10
107.10
完 工
109.09
109.09
研究大樓II、III建築設計
完成招標
107.11
107.11
完成設計
108.10
108.07
研究大樓II、III興建工程
完成招標
109.02
109.02
完 工
111.05
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資料來源：中研院提供。