農委會為促進農田水利事業發展，穩定供應農業發展所需之灌蓋用水及擴大灌溉服務，推動農田水利法立法，該法於109年10月1日正式施行，全國17個農田水利會與農委會農田水利處改制為農委會農田水利署(以下稱農田水利署)。經查：
(一)原農田水利會經管土地被占用情形有待積極清理
截至109年止，原17個農田水利會會有土地面積合計2萬4,937.83公頃，遭占用者共計5,997筆、面積88.55公頃（詳表1），約占會有土地面積0.36%，其中石門、台中、彰化及高雄等4個水利會遭占用土地面積均逾10公頃，另花蓮、七星及瑠公等3個單位被占用面積占經管土地比率逾3%，尤其瑠公農田水利會會有土地被占用比率高達15.4%，允宜強化資產管理並積極清理。
表1 原農田水利會截至109年底會有土地及被占用情形表
單位：公頃；筆
會別
會有土地
面積
經管土地遭占用
會別
會有土地
面積
經管土地遭占用
筆數
面積
筆數
面積
宜蘭
1,207.37
694
2.45
雲林
5,242.34
70
2.50
北基
70.10
58
0.50
嘉南
7,165.46
127
2.10
桃園
3,199.08
33
0.60
高雄
1,327.00
495
12.66
石門
989.23
1,595
10.22
屏東
911.37
84
3.35
新竹
255.43
429
2.73
台東
265.62
2
0.03
苗栗
512.67
72
0.30
花蓮
100.85
57
4.64
台中
1,510.22
678
23.70
七星
35.94
37
2.71
南投
349.51
30
0.52
瑠公
36.81
810
5.67
彰化
1,758.84
726
13.87
合計
24,937.83
5,997
88.55
資料來源：農委會提供。
(二)部分農田水利會近年營運狀況欠佳
原17個農田水利會108及109年度決算合計分別為短絀4,286萬4千元及7億6,096萬元（詳表2），108年度決算為短絀者計有宜蘭、桃園、新竹、苗栗、臺中及嘉南等6個農田水利會，其中桃園、臺中及嘉南短絀均逾3億元，虧損情形嚴重；109年度決算合計短絀較108年度增加16.75倍，且僅宜蘭、新竹等2單位營運狀況改善，其餘桃園、苗栗、臺中、嘉南等水利會經營績效依然欠佳，尤其嘉南農田水利會發生高達8億餘元之鉅額短絀，另南投、雲林及屏東由盈轉虧，營運狀況惡化。
表2 原農田水利會108及109年度收支餘絀表 單位：新台幣千元
會別
108年度
109年度
收入
支出
餘絀
收入
支出
餘絀
宜蘭
427,764
520,433
-92,669
414,765
382,472
32,293
北基
130,071
119,344
10,727
133,633
107,894
25,739
桃園
919,458
1,298,925
-379,467
828,862
1,141,803
-312,941
石門
925,895
625,087
300,808
725,583
559,663
165,920
新竹
383,610
413,424
-29,814
458,834
380,189
78,645
苗栗
355,617
390,194
-34,577
1,075,376
1,089,253
-13,877
台中
1,197,676
1,569,752
-372,076
1,172,196
1,393,031
-220,835
南投
512,262
335,129
177,133
407,291
584,872
-177,581
彰化
1,144,896
1,079,890
65,006
1,328,375
1,174,886
153,489
雲林
1,526,999
1,493,841
33,158
3,703,600
3,855,210
-151,610
嘉南
1,943,658
2,257,314
-313,656
2,492,989
3,354,975
-861,986
高雄
1,121,014
1,114,721
6,293
1,120,799
1,060,685
60,114
屏東
553,268
535,452
17,816
514,293
542,078
-27,785
台東
394,564
337,674
56,890
356,584
308,180
48,404
花蓮
320,314
270,660
49,654
285,540
255,385
30,155
七星
280,714
273,051
7,663
312,982
277,686
35,296
瑠公
1,095,965
641,718
454,247
971,612
596,012
375,600
合計
13,233,745
13,276,609
-42,864
16,303,314
17,064,274
-760,960
資料來源：農委會提供。
綜上，全國17個農田水利會與農委會農田水利處於109年10月改制為農田水利署，惟查原農田水利會經管土地有被占用情形，且108及109年度年經營績效欠佳，部分單位發生鉅額虧損或營運惡化情事，允宜檢討改善，加強資產管理及提升營運績效，俾使農田水利事業永續發展。
（分機：8663 鄭寧）