為符合衛生福利部(以下稱衛福部)要求自104年1月1日起，未符合國際GMP標準(PIC/S GMP) 之西藥製劑工廠，不得從事西藥藥品生產之規定，管制藥品製藥工廠(下稱製藥工廠)於102年間辦理「管制藥品製藥工廠廠房新建暨整建工程計畫」，總經費4億9,377萬6千元，執行期程為101至106年，委託內政部營建署代辦，嗣經工程展延、新廠房申請評鑑及工程履約爭議調解，致無法如期完成，經報行政院於108年4月26日同意修正計畫總經費為5億306萬4千元，執行期程延至108年12月31日。

又新廠房於106年7月24日竣工，整建廠房則於108年7月5日竣工，並於108年9月27日完成工程驗收。嗣營建署因須辦理變更設計相關行政作業，該廠配合該署預估之工程作業期程，申請108年度保留工程款836萬元；惟截至109年底止，製藥工廠仍未完成工程結算作業，實際僅支用4,984元，執行率約0.06%，須保留經費835萬5千元至110年度繼續執行。

據審計部審核該基金109年度附屬單位決算審核通知指出，製藥工廠表示因對可歸屬監造廠商責任之項目及扣罰情形存有疑義，需費時釐清等因素，致決算作業執行未如預期；另行政院主計總處於查核該基金108年度財務收支及決算之查核報告指出，該廠辦理上述工程之施工預算書調整等行政作業，未及於工程驗收前完成，函請檢討改進及加強執行效率，爰該廠允宜協商營建署加速辦理決算程序，以提升預算執行效率。

綜上，製藥工廠於102年間辦理「管制藥品製藥工廠廠房新建暨整建工程計畫」，相關工程業於108年9月間完成驗收，該廠雖於108年度申請保留工程款836萬元，惟截至109年底止，實際僅支用4千餘元，該廠允宜積極協商營建署加速辦理決算作業，俾提升預算執行效率。