行政院主計總處(下稱主計總處)111年度預算分別編列「中央總預算核編及執行」及「特種基金預算核編及執行」等計畫375萬7千元及266萬1千元，決算實現數375萬6千元及265萬4千元，執行率99.97%及99.74%，預期成果包括：促使各機關加強特種基金預算管理，提升特種基金營運效能等。惟近年中央政府每年補助特別收入基金金額龐鉅，恐影響政府財政資源配置運用。茲說明如下：
(一)特別收入基金屬收支獨立個體，須有國庫撥補外之適足財源
依預算法第4條第1項第2款第5目規定：「有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。」參照財政紀律法第8條第1、2及4項規定：「中央政府非營業特種基金須依法律或配合重要施政需要，按預算法第4條規定，並應具備特(指)定資金來源，始得設立。」、「前項基金屬新設者，其特（指）定資金來源應具備政府既有收入或國庫撥補以外新增適足之財源，且所辦業務未能納入現有基金辦理。」、「中央政府非營業特種基金因情勢變更，或執行績效不彰，或基金設置之目的業已完成，或設立之期限屆滿時，應裁撤之。裁撤機制由行政院另定之。」準此，特別收入基金屬收支獨立個體，應有國庫撥補以外之特定收入來源，以維持運作；意即須妥善規劃財務資源，以專款專用方式辦理特定政策或業務，設法提升資源使用效率，如執行績效不彰等情事，亦得依該總處規定裁撤。
(二)中央政府特別收入基金接受國庫撥款收入數額，自109起超逾千億元，金額龐鉅
111年度特別收入基金有26個附屬單位（含28個分預算），10個附屬單位短絀，共計短絀153億餘元，其餘16個附屬單位均有賸餘，共計賸餘850億餘元。106至111年度特別收入基金接受國庫撥款收入總額，介於907億餘元至1,295億餘元之間，概呈增加趨勢，自109年度起超逾千億元；占基金來源之比率介於31.61%至39.78%之間，各年度互有增減，該期間各10個、8個、9個、9個、8個及9個基金接受國庫撥補收入比率逾9成，合計807億餘元、702 億餘元、810 億餘元、800億餘元、760億餘元及1,050億餘元。
(三)7個(分)基金接受國庫撥補收入連續2年逾9成，6個(分)基金仰賴程度上升
111年度接受國庫撥補收入占比逾9成者計9個特別收入(分)基金，其中行政院國家科學技術發展基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金、農業天然災害救助(分)基金、農產品受進口損害救助(分)基金及家庭暴力及性侵害防治(分)基金等7個(分)基金已連續2年(110及111年度)皆接受國庫撥補均逾9成；行政院國家科學技術發展基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金、農產品受進口損害救助(分)基金及家庭暴力及性侵害防治(分)基金等6個(分)基金接受國庫撥補收入比重上升，益加仰賴國庫撥補(詳表1)。
綜上，中央政府特別收入基金接受國庫撥款收入數額自109年度起已超逾千億元，金額龐鉅，部分特別收入(分)基金接受國庫撥補收入逾9成，其中7個(分)基金接受國庫撥補收入已連續2年(110及111年度)逾9成，6個(分)基金仰賴國庫程度上升；為減輕政府財政負擔，允宜對部分無穩定特定收入或仰賴國庫撥款之特別收入(分)基金，強化財務管理，俾落實基金責任，促其妥適規劃財務資源，使政府資源更得彈性配置及運用。
表1 110及111年度特別收入(分)基金接受國庫撥款收入占比逾9成明細表 單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算或分預算
110年度決算數
111年度決算數
金額
占比
金額
占比
行政院國家科學技術發展基金
350.40
95.71
403.21
96.26
行政院公營事業民營化基金
-
-
88.00
93.71
花東地區永續發展基金
255.82
99.95
-
-
新住民發展基金
5.00
98.27
5.00
99.30
國土永續發展基金
0.92
98.43
91.64
99.30
毒品防制基金
4.25
97.32
4.25
99.60
農業天然災害救助(分)基金
23.12
99.89
32.14
99.82
農產品受進口損害救助(分)基金
118.53
91.31
136.05
92.16
家庭暴力及性侵害防治(分)基金
2.35
97.7
3.60
98.42
疫苗(分)基金
-
-
286.46
91.87
金額合計
760.38
1,050.34
說 明：1.表格內虛線代表該基金該年度國庫撥款收入為0或占基金來源比率低於9成。
2.政府撥入收入含其他政府機關奬補助收入，上表僅計算國庫撥款收入。
3.細數之和因數值修整或略有出入。
資料來源：主計總處。