「高雄捷運BOT案」爭議，吳敦義所言與事實有所出入，當過地方行政首長的立法委員蔡啟芳點出吳敦義不實之處，蔡啟芳說，吳敦義所拿出來發文日期為12月4日的那一張公文，實際上是吳落選後上班第一天，也就是12月7日，只是吳敦義將日期押為12月4日，所以，吳敦義請從實招來，否則就是白賊義。

蔡啟芳指出，由政府轉為民間BOT案，如此重大案件的轉變，為何不需要市議會的同意？有了市議會的決議，高雄市政府才有個依據報請中央交通部核准，吳敦義竟然有如此巨大的權力自行決定，由此可見，吳敦義的心態是，既然沒有選上，也不讓謝長廷那麼「好吃睡」，尤其是當時中央政府還是國民黨還在執政，可以控制謝長廷，哪想到2000年總統大選翻盤，陳水扁當選，完全出乎吳敦義所期待的。吳敦義完全是居心不良，他逾越權限的目的就是，自己吃不到就全部把它毀掉。

蔡啟芳表示，謝長廷當選高雄市長後，是一個弱勢的政府，議會全面杯葛，他能做的有限，高雄捷運案，完全是順著中央政府的決定，順勢而為，而市政府決議由中鋼辦理高雄捷運BOT案，主要是中鋼當時還是佔多數官股的國營企業，董事長由中央指派，總是不敢胡來。而中鋼組捷運公司，高雄市政府能建議什麼？主張什麼？只能對於施工進行監督，且當時的交通部是決定如此，請問，謝長廷能做什麼？謝長廷唯有遵照中央的指示辦理招商，由原先政府核定的一千九百五十二億，降為一千五百○八億，共省下將近四百五十億，泛藍還要謝長廷道歉，是要道什麼歉？難道是謝長廷沒事幫政府省下四百五十億感到很抱歉？