依據95.1.27之台北地方法院民事裁定文（94年度法字第159號）指出:

1.航發會董事會議非由其合法之召集人所召開，故召集程序違反交通部主管財團法人設立許可及監督準則第18條第1項。

2.航發會董事會召開之開會通知及議程並無於十日前送達各董事，故違反捐助章程第15條之規定。

3.裁定：法院認為，航發會董事會議之召開程序違反法令、章程等之重大瑕疵，裁定聲請人（林陵三）向法院求為變更航發會捐助章程之主張，礙難准許，應予駁回。

4.主張：

（1）限期一個月向高鐵追討回45億元：如果航發會章程修訂遭法院駁回，等於是章程變更未果，航發會組織章程仍舊以原來章程為主，也就是說依法航發會不得從事航空事業以外的投資，因此，去年十月三日撥款資助高鐵45億元是違法的，故行政院必須盡快於一個月內向高鐵追討回45億元。

（2）追究相關人員的責任如前行政院謝院長、前林陵三部長，以及航發會董事。