賴士葆指出，依據中央法規標準法第五條第一項第三款明定國家各機關之組織，應以法律定之，同法第六條亦規定：「應以法律規定之事項，不得以命令定之」，而目前未法制化之機關，概以組織規程（或暫行組織規程）代以組織條例設置，顯已違法，也違反行政程序法過渡條款之規定，這些就是公務機關的違章建築，亦一般所謂的黑機關。

賴士葆特作如下表示：

一、95年度中央政府違章建築物有126個，黑預算編列總額高達337億元，前三名為交通部、外交部與內政部：95年度黑機關預算編列共計有337.60億元，交通部排行第一有197.09億元、其次為外交部70.32億元、第三名為內政部31.86億元、第四名為教育部10.50億元，第五名為行政院9.34億元。（詳見附件一）

二、黑機關預算編列四大模式-「暗渡陳倉型」、「借殼還魂型」、「漂白型」、「硬闖型」（詳見附件二）

1.暗渡陳倉型：許多黑機關單位因為沒有法源依據，或是藉由暫行組織規程，無限期地展延，永遠不會裁撤之單位，故其單位預算來源則是透過法制化機關之一般預算、特定業務計畫、非營業基金等九彎十八拐方式挪用，拼湊而成其單位預算，且為常態化預算編列模式。95年度有301.78億元，包含行政院、文建會、教育部、交通部、經濟部、財政部、內政部、外交部、法務部、體委會等，例如高速鐵路工程局之95年度預算由交通作業基金與相關業務計畫如軌道工程興建管理、鐵路建設計畫、都市大眾捷運系統建設計畫等編列；教育部僑民教育委員會之95年度預算編列在教育部文教處之境外學術交流業務59973千元、輔導台商學校業務61370千元…等，這種模式無法完全從單一單位預算窺其全貌。

2.借殼還魂型：這類型則是過去單位預算原本遭砍刪，95年度又再利用其他名目捲土重來。例如客家委員會所屬之客家文化中心，現為一籌備處，自93年度起逐年編列人事預算，平均約為3千萬餘元，然再94年度增列實體建設經費6億760萬元，與台博條例掛勾，列在200億餘元之特別預算內，後因無法源依據經立法院刪除，而95年度又再度以特別預算方式列在台博會下之台灣歷史文化風貌保存計畫內，企圖借殼還魂。

3.漂白型：部分單位藉由法人化或委辦方式，以去任務化，但是，仍舊從公務機關編列預算捐助支應，明顯規避立法院監督之常態性業務單位。如原國科會所屬之科學技術資料中心與精密儀器發展中心，94年1月已經法人化，連同原單位之專職聘用人員轉歸國家實驗研究院所屬，故已無須受限政府組織法令之相關規範，然國科會95年度編列預算6億元捐助給國家實驗研究院（主管分支計畫中新增科資計畫298163千元、精密發展計畫302245千元）支應之；又如經濟部標檢局原所屬之中華民國認證委員會，93年已法人化為財團法人全國認證基金會，95年度標檢局以委辦計畫方式，在科專計畫下之國家度量衡實驗室2億元預算下之認證制度實施與發展計畫31882千元，將經費給財團法人全國認證基金會；又如衛生署所屬之科技發展組，95年度預算從衛生署之醫藥科技發展經費7億5788萬3千元與國家衛生發展計畫25億8200萬元勻之，其中國家衛生發展計畫為25億82004千元，全數補捐助給財團法人國家衛生研究院，而過去國家衛生研究院院長薪資加給一個月超過60萬元便遭人詬病。

4.硬闖型：這類型單位儘管沒有以法律定之之法源依據明目張膽編列單位預算，包含中央選舉委員會、警政署入出境管理局、投審會..等，如教育部所屬之海洋生物博物館、科學工藝博物館、台灣史前文化博物館等在其籌備階段時乃用暫行組織規程因應，可是迄今已經正式成立，不能再繼續利用其理由，否則於法不合。

賴士葆進一步表示，

一、「黑官」得以決定政府重大政策與人事派用，問題重重：從法律角度來看，未法制化機關於法而言主體不存在，其政務官與事務官可說是「黑官」，不僅受公務人員任用法規範，也享有相關政務與公務加給、福利待遇，如中選會主委乃政務人員三級職等與一般部長同等級，單位預算8.75億元，卻是一個黑機關，這樣黑機關卻可以決定單一選區劃分與兩票制條文立法，以及319槍擊案；又如經濟部國營會（1.89億元），部長親自主管，執行長職等為簡任13職等，任用與聘用人員有108人，掌握國營事業相關政策決策與管理大權。在黑官領導下，部分國營事業不是虧損連連，就是賤售國產；再又如警政署入出境管理局，局長有簡任13職等，執行外籍人士來台之收容監管及出入境業務，而最近也發生大陸配偶面談爭議事件。

二、 95年度歲出規模減少，然部分黑機關年度預算不減反增：從95年度中央政府總預算歲出規模來看，較去年度減少，可是，部分黑機關單位預算卻是增加，如鐵路改建工程局增加753129千元、外交部代表處與辦事處等93個單位共增加296641千元、投審會增加3491千元、國立科學工藝館增加1544千元、國立台灣史前文化博物館增加10432千元、國立海洋生物館增加1618千元、台灣史前文化博物館10432千元、國光劇團9400千元..等。

三、黑機關預算違法情事，遭監察院糾正：針對黑機關問題，審計部曾於90年去文請主計處查覆未法制化機關情事，主計處回文答覆為「沒有違法預算法第九十二條規定。」，對此，監察院便於92年7月7日正式向行政院提出糾正「…糾正行政院未能積極運作立法，坐令未依法律設置之機關單位，卻擁有年度預算之有違組織與預算體制之現象，持續經年…」，被糾正之事實如部分非營業基金之年度預算經費係用以支應未依法律設置之機關單位，如高速鐵路相關建設基金、國道公路建設管理基金、新市鎮開發基金…等，糾正行政院任由該等單位在未有組織法源下使用政府預算，造成未依法律設置之機關卻擁有非營業基金經費可供使用之顯有違組織與預算體制，洵屬失當。可是，儘管監察院提出糾正，行政院依舊我行我素。

四、陳總統上任後違章建築增加超過10個：民國90年後，公務機關違章建築仍不斷設立，如國家人權紀念館籌備小組、行政院組織改造推動委員會、國家資產經營管理委員會、民營化監督與諮詢委員會、民營化推動委員會、通訊傳播委員會籌備處、國家台灣文學館、電力調度中心指導委員會、工商憑證管理中心、高等教育審議委員會、客家文化中心籌備處、空中勤務總隊籌備處…等，不過在中央行政機關組織基準法通過後，部分黑機關都在93年6月後相繼合法化。

五、規避立法院監督：如總統府國家人權紀念館，92年12月4日立法院表決通過廢止「國家人權紀念館籌備處暫行組織規程暨編制表」在案，理應完全廢止不應再推動，而總統府卻變相將該籌備處改為籌備小組，並在95年度從總統府挪編3300萬元預算支應；又如總統府成立憲政改革辦公室，亦任命辦公室主任，預算也是用總統府預算去勻支；又如WTO代表團為一特別單位，其業務主管單位包括外交部與經濟部， 95年度該單位經費為2.8億元，而國貿局主管之WTO中心編列0.6億元相關業務與研究經費全部委託給中經院，立法院只能看到錢往哪去，卻無法真正審議其效益；又如衛生署為設置全國自殺防治中心，94年度編列預算，這二個月左右，便以委外方式交由民間辦理，目前有一台大教授領軍參與投標，可是，令人質疑的是，國家衛生發展研究院也有此一辦理條件，可是卻沒有參與，然全國自殺防治中心乃是政府成立之常態單位，95年度衛生署以醫療照護計畫之分支計畫編列預算7千萬餘元予以支應，這樣的模式無疑是以去任務化方式，將常態單位委外去做。諸如為求政治目的或特定政策目標，政府堂皇付錢，卻可以免去機關法制化程序，又可以規避立法院監督，實屬不合。

對於黑機關林立問題，賴士葆特提出以下幾點主張：

一、修法（中央行政機關組織基準法），對於四級以下機關單位之設立，立法院保有同意權：由於93年6月已經通過「中央行政機關組織基準法」，明定政府三級以上機關之組織單位必須以法律定之，然該法卻又抵觸「中央法規標準法」規定之國家各機關之組織，應以法律定之。這樣的結果，便將許多黑機關（不到三級）漂白化，促使行政機關單位尋藉四級以下之小單位、任務編組或去任務化委外方式設立與編列預算情事勢必愈來愈多，得以規避立法院監督，例如行政院消保會一年預算不到1億元，照例送立法院審查，而單位預算較其高的單位比比皆是如高速公路局交控中心，其北中南區一年合計有2.49億元，卻因屬四級單位以下而不用編列單位預算送立法院，只要從所屬機關之基金或計畫就可勻支經費，實難進行預算與運作效益審議。由於「中央行政機關組織基準法」為一特別法，授權行政機關設立，送立法院查照，因此，賴士葆擬透過修法，針對四級機關單位設立，雖授權行政院決定，但是立法院必須要保有同意權，讓這些單位沒有取巧漂白、規避立院監督之機會。

二、違反立法院決議，95年度黑機關預算擬全數凍結：立法院審議94年度中央政府總預算時，曾決議要求未法制化之行政機關必須要在95年2月1日前完成法制化，不過，本會期是預算會期，勢必難以完成法制化目標，顯然會違反立法院決議，故將將未法制化機關單位預算擬全數凍結，待法制化後予以解凍之。