遠翔空運倉儲董事長葉鈞耀建議，政府可與業者商討後訂出通關作業相關規定，海關通關作業時效應符合業者需求，可採「自動生效制」，數個小時內完成查驗審核，超過時間的貨物就自動放行，即可使自由貿易港區通關作業更便捷，效率超越新加坡與香港。

「制度化，交責任交由業者，而非由海關的人來控管，儘可能減少通關人為因素，」葉鈞耀與國民黨籍立委羅世雄說。羅世雄認為，要使自由貿易港區有別於加工出口區，電腦化作業應是最關鍵的地方。

宇智顧問公司董事長徐小波表示，政府應該先讓自由貿易港區誕生，因為自由貿易港區誕生後廠商才會加碼，比如說，在港區內設產業控股公司就可以在台灣上市上櫃。

徐小波舉例說，聯邦快遞之前要找一個亞洲基地，本來是要找台灣，以台灣半徑1,000公里內可涵蓋東亞大城市，但需要海關配合傍晚5時下班後加班，讓貨品隔天上午9時送到其他大城市，但台灣無法配合，後來聯邦快遞就到蘇比克灣去了，他覺得非常可惜。

遠雄集團董事長趙藤雄指出，我國海關在運作風險管理、策略聯盟、預先清關等快遞業運作的關鍵項目上，已被世界貿易組織(WTO)肯定為世界的典範之一。但是在一般貨物通關效率方面，與新加坡和香港比較，顯然仍有很大提昇空間，所以關務加速「全面」24小時作業才能超越鄰近國家。