台南市大港寮地區逢雨必淹，早為當地居民所怨聲載道，立委陳亭妃在擔任議員時就全力爭取該地區一定要設置抽水站才可以解決水患問題。至97年中央編列第二階段『易淹水地區水患治理計畫』時，在立委陳亭妃與台南市政府極力奔走下，中央終於願意編列1億8千多萬來辦理台南市「文賢抽水站及銜接排水箱涵新工程」計畫，以徹底解決台南市大港寮大港里、大和里、大豐里、文成里等地的淹水問題。

然在文賢抽水站於98年4月8日動土時，因當地居民反對不希望抽水站設置在該地，致使文賢抽水站工程計畫必須重新尋找規劃地點、再辦理變更設計，無法依原訂計畫執行，造成大港寮地區淹水問題一直無法獲得解決。

立委陳亭妃再次重申表示大港寮地區的淹水問題，從她父親任內就很關心，她接手後仍持續為爭取計畫經費努力，而此次莫拉克颱風造成台南市地區嚴重淹水，再再證明，即使利用各種抽水辦法也無法徹底解決淹水問題，唯有設置抽水站才是根本解決之道。今天立委陳亭妃特別邀集當地里長來協調抽水站設置地點的問題，並希望里長與當地里民做好溝通，希望「設置的地點」地方里民能早日達成共識，不要因為地點問題再度造成計畫延宕，抽水站設置計畫已經空轉延宕一年了，大港寮地區居民無法再次承受抽水站設置計畫一變再變。

此外，雖然文賢抽水站設置計畫因設置地點問題而延宕，立委陳亭妃要求中央內政部營建署必須編列１億6千萬經費，並按照計畫從98年開始逐年編列延續下去。她也希望抽水站設置地點不要再度成為問題，讓計畫能趕快加速進行，真正協助當地居民徹底改善淹水問題。