台灣的地形山高水短，民生及工業用水取水不易，多來自於水庫集水及少部分地下水，水源十分珍貴。但由於臺灣地狹人稠，農牧發達，工廠林立，各種農牲畜業污染、酸雨、工廠污水，使水污染、土壤污染越來越嚴重，已經到達難以解決的地步。政府即便劃分了水質水源保護區，但因污染已深、加上執行不力，污染威脅一直存在，使臺灣變成一個「毒島」。

長期污染土壤及地下水的情況，遍佈全台各地，桃園ＲＣＡ廠汙染案，美商公司評估後提出無法整治的報告，宣判該地區地下水沒救了，只能靠時間自然化解。彰化、屏東戴奧辛污染土壤、空氣，鴨肉、鴨蛋、人體都受影響。最近引起爭議的坪林交流道開放影響大台北地區飲用水水源地污染問題，最後變成政治壓倒專業，還演變成一場政治口水戰。但這都顯示政府對於污染的各種管制措施形同虛設。

在新竹縣也有一個離譜的案例，新竹縣橫山鄉部分當地居民飲用水的水源地集水區，地方政府竟然同意發包民間廠商BOT興建垃圾焚化爐灰渣掩埋場；水源區上游設置灰渣演聽起來不可思議，但這卻是真實發生在新竹縣。水源區、集水區土地上，農業利用、民生利用、觀光發展等都應該受到限制，才能保證飲用水安全，這已經是基本常識，但為何還准予設置掩埋場？本席認為，這是政府對於國土政策、對於國土規劃一向不重視所導致的惡果。

在先進國家。，垃圾處理是一個非常重要的課題，但是在台灣，處理的層級卻不高，完全由地方政府主導，導致相關的垃圾問題處理起來非常零碎化。臺灣面積不大，可做為焚化廠及掩埋場、灰渣處理場的合適地點不多，因此，應由中央與地方政府共同負起規劃及設置責任，而不是放任地方政府自行解決。以垃圾掩埋場為例，目前是臺灣省各鄉鎮自行想辦法找掩埋場地，但是合適場地有限，以致於經常利用河川地當掩埋場；污染地下水、污染土壤的事件也時有所聞。

政府忽略國土規劃，不重視長遠的政策規劃與指導原則，已導致了臺灣空氣、水、土壤污染的嚴重後果。全臺灣下水道的普及率仍不道3％，民生廢水直接污染河川、滲透至地下水；更不用說遍及全台各地的工業區、隨處可見的工廠及違章工廠。郊區非法棄置的各種工業廢棄物、廢鎔劑、廢水及任意排放的工業氣體，更是業界的常態。

長期抽取地下水及河川水的農地，也因此一併受影響，民國90年環保署發佈台灣的農地土壤有三百餘公頃重金屬濃度過高，也就是受到工業污染影響。但從毒鴨蛋事件看來，三百公頃農地污染只是冰山一角，暗藏全臺灣各地的污染事件還會爆發。