經濟部水利署今年十月月下旬，也就是十月二十一日，逕自公告「經濟部水利署北區水資源局申請頭前溪水係家用及公共給水水權取得登記」，直接取用頭前溪的水源，已經引起新竹農田水利會嚴重抗議。依據「寶山水庫導水路管理小組設置要點暨營運操作規則」，在頭前溪的取水口所取用的水，應該優先用於竹東圳及頭前溪灌溉區之用水為優先。也就是以農田灌溉用水為優先，也是屬於農新竹民、新竹農田水利會的水權。若有多餘的水才引至水庫做為家用及公共給水。也就是說，水利署所公告「經濟部水利署北區水資源局申請頭前溪水係家用及公共給水水權取得登記」，這個公告已經違反行政規則，也侵犯了新竹農田水利會的水權。

此外，若是寶二水庫真有用水需求，依「寶山水庫導水路管理小組設置要點暨營運操作規則」也應該由相關主管機關召集相關單位協調解決。原本經濟部水利署對於頭前溪的水源要取用為家用及公共給水這個問題，原訂於今年十月二日上午召開「寶山第二水庫水權申請案協調會」來協調此事，但不知道為什麼藉故延期，也沒有定下延期要延到何時，然後水利署就自行公告，直接自行取用水。水利署這種蠻橫、不講理、違反相關管理規定的作法，已嚴重損害農民權益及農業灌溉用水權。經濟部及水利署，應盡快召開協商會議研商解決之道，不要忽視農民及水利會的權益。