99/1/12 (二) 行政院組織法三讀通過，黃淑英委員為確保行政院性平機制之運作，針對該組織法提出附帶決議，經修正後通過，內容如下：為促進性別平等，維護婦女權益，落實性別主流化之政策，強化政府各機關之橫向連繫及民間參與機制，行政院應維持目前跨部會「行政院婦女權益促進委員會」之運作，並設立性別平等處，作為行政院婦女權益促進委員會之秘書單位，統籌行政院實行性別主流化之相關事宜。

98/5/14（四）司法法制委員會審議行政院組織法，黃淑英委員發言表示：行政院送入之行政院組織法違反現行行政院組織基準法中，對於部會之總額限制。

再者，黃淑英委員認為行政院組織法草案看不到政府組織改造的精神，只看到政治的妥協，例如：民間團體對於僑委會及退輔會的功能一直有相當大的疑慮，國際上亦將此兩個委員會的業務置入外交部及國防部，但在行政院的修正版本中仍未裁併此兩個委員會。

此外，黃淑英委員亦針對性別專責機制詢問研考會，請研考會說明，為何選擇「院本部轄下的性平處」，而非「性別平等委員會」。研考會表示：因為婦女團體認為婦女權益促進委員會（婦權會）應繼續存在，若設置性別平等委員會，為恐決策混亂，婦權會將無法繼續存在，在與婦女團體多次溝通後，決議採「性平處」。

最後，黃淑英委員亦針對研考會委託辦理「性工作是否應合法化」之公民共識會議之執行提出質疑。黃淑英委員表示：該公民共識會議在無反方代表，參與者亦多帶有立場的情形下，其會議結論不應可以做為政策依據。