按保護基金淨額之定義及計算涉及證券投資人及期貨交易人保護法（簡稱投保法）第18條第3項及第19條第1項、第2項之適用。惟投保法所使用「保護基金淨額」乙語，既未於本法加以定義，且未於相關法令加以詮釋或規定計算方式，至於財團法人法及其子法，除對「基金」定義與投保法不同外，所有相關用語且均僅使用「總額」乙語，而非「淨額」，顯見二法律之歧義，是投保法所稱「保護基金淨額」如何定義及計算？誠有疑義。
本研究針對投保法與財團法人法之相關規定加以探討，就投資人保護基金之定義與計算歧義之法制問題建議，法務部函釋財團法人法中財產總額為資產負債表中之淨值，與相關法規命令容有不一致之問題，應請檢討修正。另投保法所稱「保護基金淨額」尚乏明文定義，應請主管機關於投保法及財團法人法相關法規命令為一致性之規定，以杜疑義。加以投保中心淨值已達82億餘元，惟成立以來未有償付案件，相關提撥與償付規定容與立法目的未相契合，建議主管機關應予以檢討修正。