早期國立大學有政府預算補助，經費來源不虞匱乏，然隨著高等教育市場的快速成長，大學數量持續增加，在教育經費有限的資源下，日漸成長的大學校院，造成政府沉重的負擔。為使國立大學校院有更彈性與自主的空間，並課以學校財務經營的責任，教育部於1996年起試辦校務基金制度，並於2001年全面實施。
實施校務基金之主要精神，在於國立大學校院，不須全面仰賴政府編列預算補助，必須自籌部分經費，以減輕政府的負擔。惟校務基金實施10餘年以來，國立大學校院自籌經費之收入，未達預期效果，有鑑於此，實有必要對於現行制度做一檢討。本專題研究報告先行概述國立大學校院實施校務基金之沿革，其次分析校務基金之收入來源、校務基金面臨之困境、再來說明美國、英國學費及財務制度、美國耶魯大學及哈佛大學校務基金之運作模式，最後提出建議並歸納出結論如下，俾提供委員問政之參考：一、修正科研補助之核銷規定。二、健全內部控制制度。三、適時調整學雜費收入。四、強化捐贈收入之誘因。五、創造投資收益。