本院於99年1月12日三讀通過行政院組織改造四法，經總統於99年2月3日公布，其中行政院組織法自101年1月1日開始施行。而依該次修正之行政院組織法，行政院部會級組織由37個精簡為29個，行政院下設14個部、8個委員會、3個獨立機關以及1行、1院、2總處等，採「分批完成立法，分階段施行」原則，已完成立法之新機關自101年1月1日起陸續施行。行政院組織改造目前尚未完成組織調整者，有內政部、經濟及能源部、交通及建設部、農業部及環境資源部等5個部暨所屬機關(構)，其複雜程度較高。
行政院將於本院本(第10）屆繼續推動組改，為因應數位時代發展，擬成立數位發展專責機關，而尚未完成之環境資源部、經濟及能源部，其中水資源業務究應如何歸屬，均有爭議，亦為各界關注之議題。本文爰就行政院組織改造進行回顧，並針對未來行政院組織改造修法方向之主要爭議進行研究，以供委員問政之參考。