台灣島上原住民除已漢化的平埔族：凱達格蘭族、雷朗族、葛瑪蘭族、道卡斯族、巴布拉 族、巴布薩族（或貓霧揀族）、巴則海族、和安雅族(洪雅族)、西拉雅族、邵族等十族外 ，目前所謂的「九大族群」原住民係指泰雅族、賽夏族、鄒族（以前稱曹族）、布農族、 魯凱族、排灣族、阿美族、卑南族及達悟族（以前稱雅美族）等原住民，分布在三十個山 地鄉與二十五個平地鄉；人口約為台灣總人口的一．七％左右，土地面積則佔五○％以上。 本（八十九）年五月間，蘭嶼鄉達悟族提出於西元二○○四年以前，全面實施「蘭嶼自治 」之訴求，惟各界之意見分歧： 贊成者認為原住民自治，象徵政府對原住民的尊重，經由自治，原住民可有自行改造其社 會、文化的機會。並可培育原住民自主開發能力，促進原住民社會的發展。原住民自治可 因地制宜，提高行政效率、落實 中山先生遺教精神，滿足原住民心理需求。 反對者認為原住民自治，其補助優惠措施不利於原住民尊嚴的重建；自治將導致原住民類 似獨立，將導致族群對立與不和諧，引發國家認同問題；原住民自治缺乏法源依據；無法 提升原住民之平均餘命，不利健康促進；自治資源相對受限，未必有利原住民福祉。 蘭嶼原住民自治，政治上可能引發其他族群的援引效應，甚至平埔族後裔也可透過尋根， 找回原來的族群，要求政府比照目前「九大族群」的福利措施或要求自治，屆時整個台灣 將陷入族群的利益與政治糾紛問題中，政府施政行政作為可能會受到限制。再者政府的稅 收要特別提撥補助原住民自治區，對其他鄉、鎮、市來講，也將引起爭取補助經費的問題 。且如五十五個原住民鄉都實行自治，在其自治區內之非原住民將何去何從？會不會引起 與原住民抗爭？都得為其考量。雖然法之立與廢，只要時間及條件配合均可能辦到，但主 其事者應要有相當的智慧去思考並解決這些問題。 蘭嶼原住民要自治，其必須滿足法律之要件如下： （一）修憲：取得法源依據。 （二）必須本院制定下列法律： 1.「中華民國原住民自治法」（或中華民國少數民族自治法）。 2.「原住民自治條例」、「原住民自治議會組織法」、「原住民自治政府組織法」。 （三）必須本院修正之法規： 1. 修正行政院組織法：有關行政院之組織法及各部、會、署等相關法規。 2. 修正選罷法：有關自治區參與中央民意機關之名額。 如前述各種法律均已備齊，屆時再依法定程序決定是否同意蘭嶼原住民採行自治。