台灣在全球化的趨勢下，執政黨展開政府改造的工作。民國九十年十月陳水扁總統邀集政府、學術及企業界人士組成「政府改造委員會」，由總統擔任主任委員。政府改造主要的目的在於提高行政效率、避免浪費並建立具全球競爭力的活力政府。改造主要對象不侷限於行政院，而是包括國會和地方政府在內的「廣義的政府」。改造內容包括：政府組織調整、中央與地方政府職能及資源的配置、相關人事法制的改革及政府角色的變革等。

政府改造將分階段進行，而行政院組織法修正係首要之務，該修正案預計在今年四月底送立法院審查並訂有日出條款，預定於九十三年五月二十日下任總統就職日起生效實施。行政院組織調整內容經初步確立，未來行政機關之組織型態分為業務機關、幕僚機關及獨立機關三大類型。幕僚機關又分為政策統合機關及行政管理機關。行政院所屬三十五個部會調整為二十三個機關（十八個業務機關及五個幕僚機關），另獨立機關數目未定。在政府瘦身後將精簡一萬六千人，其中政務及文職人員佔三千二百多人，其餘則是技工、工友等約聘雇人員。同時為鼓勵公務人員優退，推出彈性退離措施，服務滿二十年或年滿五十歲服務滿十年即可退休；另增訂擔任本職務最高職等年功俸滿三年即可退休規定，並加發七個月月薪。

行政院組織法修正草案已引起各界重視並出現不同的聲音與爭議，其中最主要的有意見如下：一、憲政體制與國會運作的爭議。二、修正草案未充分與國會溝通。三、組織與員額未全面精簡，如客委會、原民會、僑委會仍維持現狀。四、機關合併不宜，如文化與體育合併。五、新設與改隸爭議，如設立海洋事務部與故宮博物院改隸總統府。六、部會更名問題，如經濟部改為經濟貿易部，交通部改為通訊運輸部。七、獨立機關之設立與國會監督之問題。

政府改造所牽涉的範圍與產生的影響深遠，應以新視野、新觀念來重新定位政府的角色與職能，並大刀闊斧的據以改革，方能達到改造的目標。政府改造行動除了組織精簡外，尚須配合其他政策如預算支出的撙節、總員額的管制、行政流程簡化及績效評估及管理等才能完成整體政府改造。為能達成政府改造目標，建立有效率與廉潔的政府，本文建議：一、擴大政府的改造，除了中央外，亦應擴及各級地方政府。二、組織員額再精簡，以我們的人口數與部會數來跟國外比較，我國的部會數應可以再精簡。三、開源節流，杜絕浪費與貪污，改善經濟環境，解決財政赤字問題。四、擴大民間參與，民間做得好的，政府應鼓勵民間來做。藉擴大民間參與來達到政府瘦身或塑身的改造目的，建立「小而能」的政府。