政府鑑於宗教之亂象，又礙於早在民國十八年國民政府訓政時期即制定的「監督寺廟條例」偏執一方，突顯宗教不平等，更何況其內容只簡要的十三條，難據以撥亂反正，因而亟思立法，引導宗教循正常軌道發展，使宗教真正發揮淨化人心作用。數十年來，先後有寺廟教堂條例草案、宗教保護法草案之擬訂，新近又提宗教團體法草案。前後各種草案擬訂同時，各界對政府政策與立法方向，迭有不同意見，爭論時起。對於宗教立法，贊成者認為：在保障宗教信仰自由前提下，立法並不違憲；僧事僧決，俗事得立法定制；立法可保障宗教權利地位，使之正常發展；立法可落實宗教自由平等，解決各宗教法人資格、財產登記與處分等共同問題；只要宗教政策方向正確，當可減少立法阻力；日本已有宗教法人法，值得參酌借鏡。反對者認為：立法有違憲法宗教自由規定；宗教定義或正邪，難以立法描述或分類；處理宗教弊端不必立宗教專法，補充相關法律規定已足；摒除宗教亂象應從教育而不是人定法律著手，立法不能杜絕怪力亂神現象。正反兩方各自言之成理，因而政府在宗教立法時，必須穩當拿捏「聖」與「俗」之分際，切莫因規範過當而侵犯宗教信仰之自由。