今春以來大陸方面對我陸續釋出多項有關農產品運銷大陸的「善意」，包括台灣水果進口免再檢疫擴大為18種、其中15種零關稅，兩岸農漁業合作，大陸提供我農產品進口之通關、物流便利等。部分農民和業者樂觀其成，而政府初步回應則是兩岸農業相關議題，應按照WTO規範與機制進行磋商。

由於特殊政治情勢使然，雖已先後加入WTO，但是兩岸相互皆有違反WTO規範義務：大陸拒絕以WTO架構下的雙邊正常法律關係對待我方，台灣則對兩岸經貿交流單方設限，違反貿易自由化諸多重要原則。因此如欲將我農產品運銷大陸置於WTO架構下談判，則將產生大陸不肯對等協商、援引互惠影響甚鉅、爭端解決難以適用等問題點。

綜上所述，本文擬定章節安排如下：第壹章為「前言」，概述農業對台灣之重要性、今年以來大陸所釋放的各種「優惠善意」、及政府擬將其置於WTO架構下談判之相關回應；第貳章為「WTO相關規範及原則簡述」，包括貿易自由化原則、爭端解決程序，及自由/區域貿易協定規範；第參章為「目前兩岸農產品貿易方式」；由前三章進而導引出第肆章「WTO架構下談判農產品銷往大陸之問題點」，如前段所述。第伍章為「結論與建議」，首先提出政府之應有思維，包括應優先考量農業發展和農民利益、及政府說辭不宜前後搖擺不定等，其次評估兩岸依WTO架構談判之展望，指出依一般多邊架構下的兩岸談判可行性甚低，最後則建議或可考量推動與大陸簽署自由貿易協議，釐清其與前文問題點論述之邏輯關係，並列舉其所可能獲致之正面效益。