國防部為推動國軍「兵力結構與組織精進案」的組織調整，使組織能符合未來國防施政之實際需要，爰參照中央行政機關組織基準法所定體例，擬具國防部組織法、參謀本部組織條例及總政治作戰局組織條例等三個修正草案，由行政院於95年2月16日一併函請本院審議，與94年2月23日函請本院審議之行政院組織法修正草案第3條第3款規定設「國防及退伍軍人部」不同，為避免在組織變革中，扭曲了整個國防組織的未來發展，並面臨著需不斷修法的問題，本文將暫不針對該三個草案內容作評估，先由總體的角度，檢視文人領軍與文武關係理論的發展，尋求落實「軍政軍令一元化」的民主機制；其次，以美國及德國為例，分別探討在總統制與內閣制下「文人領軍」的國防體制，作為推動「精進案」國防組織改造的參考；再從國防組織變革的過程中，發現一些相關法制的配合協調問題，最後提出建議如下：

一、此次行政院所提的三個有關國防組織的修正草案，在審議的期程上，最好能俟行政院組織法修正草案審議完竣後再進行，釐清先後緩急，俾爭取社會大眾的信任及朝野的支持。

二、為確立穩定的文武關係，參謀本部組織條例及總政治作戰局組織條例修正草案，宜明定關機設立依據。

三、為貫徹文人領軍的民主化精神，政治作戰局的功能似不宜令其大幅萎縮，並宜明定其文職人員之任用不得少於三分之一。

四、國防部為辦理軍事教育需要，所設機構之組織，宜明定依軍事教育相關法律之規定另以命令定之。

五、國防部因辦理軍事審判及檢察業務需要，所設各級軍事法院、軍事檢察署及軍事監獄之組織，宜以法律定之，以保障軍人人權，促進軍方與民眾的和諧關係。

六、國防部文職人員之任用不得少於三分之一，宜具體規定在編制表內。即於編制表內該等文職人員不採軍文並列方式，俾有效控管達成支援文人國防部長決策之功能。