最高法院檢察署設特別偵查組的規定，係於民國95年2月3日修正公布的「法院組織法」時所增訂，賦予特別偵查組不受審級限制、可跨轄區之獨立調查權，以成為我國強而有力、公平執法的堡壘。惟特別偵查組本係為解決爭議而設置，卻因特別偵查組專門辦理社會矚目之重大案件，常因偵辦某特定事件而使特別偵查組本身陷入爭議漩渦，甚至有特別偵查組究應維持、改隸或廢除，以及特別偵查組不具有再議等救濟機制的聲音出現，成為朝野與社會大眾相當關心的議題。

司法院鑑於現行最高法院檢察署特別偵查組所為不起訴或緩起訴處分，因無直接上級法院檢察署，以致產生無法再議之情形，爰擬具「法院組織法第63條之1條文修正草案｣，將特別偵查組改設於高等法院檢察署，強化特別偵查組偵辦案件之內控及人權保障之機制；又特別偵查組檢察官、檢察事務官及其他人員之來源，配合修正為自高等法院檢察署中選任或由所屬各級法院檢察署調任辦事。另該組檢察官得執行之職務，亦配合修正為高等法院以下各級法院及其分院檢察署檢察官之職權。本文爰針對相關法制問題予以評析，並提出建議意見，供本院委員審查法案之參考。