促進轉型正義條例自2017年12月27日制定公布施行後，未曾修正。促進轉型正義委員會並依本條例規定辦理平復司法不法案件，惟本條例現行條文第6條第1項所定應平復司法不法之案件包含追訴、審判，不限於刑事有罪判決案件，例如偵查中檢察官、軍事檢察官所為之拘束人身自由處分，或法院於審判期間所為拘束人身自由之裁定等情形，均屬同條第1項應平復司法不法之範圍，然受限同條第3項規定，如非基於同一原因事實受「有罪判決」者，促轉會無法依職權或申請辦理公告撤銷。另威權統治時期之行政不法行為，例如徒刑執行完畢後未立即依法釋放等情形，依本條例現行規定，促轉會無從辦理平復國家不法與後續權利回復事宜，均有待檢討處理。