現行《地籍清理條例》僅針對日治時期既存宗教團體之不動產地籍問題，以致無從解決嗣後宗教團體所購買或受贈之不動產經以自然人名義登記之問題，行政院乃提出本草案，冀能以為處理依據。
鑑於過去曾多次限期補辦寺廟登記，並處理其以自然人名義登記之不動產，效果不盡理想，草案再次限期整理，未必能如期達成立法目的，故本條例不應限期施行（修正法案名稱，第5條及第16條），並建議準用《地籍清理條例》之規定公開標售或代為讓售，並處理該價金（修正第13條第2項），俾能憑以貫徹執行。
民間普遍存在之「神明會」不容忽視（建議增訂第3條第1項第3款及第3項），並為免相關規定分歧，增加實務困擾，建議刪除寺廟籌備人數下限為3人之規定（修正第3條第2項序文）。
為使「無依法不得承受該不動產」（草案第13條）之規定，更臻明確，且能更積極處理，建議修正第4條第2項第1款但書、第6條第2項第5款及第14條第1項第1款。
另，建議區別不動產是否經移轉登記，而以「囑託信託登記」與「囑託限制登記」，定其權利歸屬及將來之登記程序，並避免強制執行損及已具實質所有權人地位之宗教團體及其他權利人之權益（建議修正草案第12條第1項、第13條第1項第2款、第3項及第15條，並增訂第14條第3項）