工廠管理輔導法於九十年三月十四日公布施行，迄今四年多以來，雖然政府於這段時間積極輔導，但是仍有萬家以上之工廠，因不符土地使用管制規則、建築物使用管理制度或環境保護評估制度，無法辦理工廠登記，而成為違章工廠。

政府基於落實地方自治，簡化行政作業，針對本法第四條、第五條、第七條、第十條、第二十條等條文提出修正案；為因應國際公約與協定，避免影響我國產業發展及國際形象，針對特定列管物質之管理，修訂本法第十七條、第十八條等條文內容；又國內最近幾年，工廠因使用、製造或加工危險物品，發生連串之爆炸、外洩等事故，造成非常嚴重之災害，為祈所造成之災害減輕，政府擬於本法修正之同時，增訂修正草案第二十一條、第二十二條、第二十三條等條文，以規範工廠製造、使用、加工危險物品時必須投保公共意外險、申報危險品之儲存量並輔導其成立區域聯防之組織。另外本法第三十二條、第三十三條規定，申請工廠登記與申請換發工廠登記之期限已屆滿，不再適用。惟為輔導現有未登記工廠合法經營企業，期能透過法規鬆綁機制，讓未登記工廠繼續經營，另增訂第三十三條規定，將輔導期間延長為五年 。

工廠管理輔導法修正草案已列入本屆（第一）會期審查，並於94年4月28日經濟及能源委員會第1次會議審查完竣，惟部分爭議條文（第九條、第十四條、第十五條、第二十四條及第三十三條）均予保留，送黨團協商，為祈本法修正後能確實解決違章工廠之合法經營及加強危險物品工廠之管理與輔導等問題，爰就保留待協商條文提出主要修法建議〈詳如條文對照表〉。