由於全球化的發展，社會經濟均快速變遷，世界各先進國家莫不積極從事政府再造工程，企圖在財源緊縮、競爭激烈的環境下，強化國家競爭力。我國為適應這波世界性的政府再造風潮，於民國86年通過憲法增修條文，增列國家機關之職權、設立程序及總員額，得以法律為準則性之規定。嗣後93年通過中央行政機關組織基準法，規定行政院得最多設立13個部、4個委員會及5個相當中央二級機關之獨立機關，並賦予行政機關組織與員額彈性調整之機制。行政院曾於93年、94年重新將行政院組織法修正草案函送審議，惟在任期屆滿前未能完成立法程序。行政院爰再次審酌台灣政治、經濟與社會情勢變遷需要，重行擬具「行政院組織法」修正草案，於97年2月20日送請本院審議，經本院第7屆第1會期第2次會議決定交司法及法制委員會審議。

本次修正草案增強「傳統8部」核心職能、因應新興業務需求新增6部、強化「7會」政策協調統合能力，並提升「行政院院本部」政策規劃量能，重新檢討「行政院院本部」組織設計，置不管部之政務委員9人至11人，且行政院副秘書長由現制1人修正為2人，並將其中1人兼發言人。此外，為強化院長政務領導功能，置特任主計長、人事長、法制長及資訊長各1人，由政務委員或其他相當政務職務人員兼任。

我國政府再造規劃作業長達20年之久，本次修正草案大體回應當前需求，惟仍有幾項問題如「部」業務配置部分仍有疑義、增加政務人員與政府再造精神相違、委員會設置尚有再精簡之空間、獨立機關宜明定、內部單位設置問題重重、保留設專責單位易生爭端、施行日期宜考慮配套法案併同修正之立法期程等，本報告經研析後提供建議修正條文對照表，供委員審議該法案之參考。