1990年代，我國為因應國家情勢與社會環境變遷及海峽兩岸關係的和緩，於1991年憲法增修時明定兩岸人民權利義務關係及其他事務之處理，得以特別法加以處理，嗣於1992年政府通過「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」(以下簡稱「兩岸人民關係條例」)，規範臺灣地區與大陸地區人民之往來，並處理衍生之法律事件，然因中國大陸承諾在國際協議中，向國際社會宣布港澳為「特別行政區」、實施「一國兩制」，我政府為支持港澳自由、民主、安定與繁榮，並維護我與港澳友好關係，政策決定在港澳仍能維持自由經濟制度與自治地位之前提下，將港澳定位為有別於大陸其他地區之特別區域，1997年4月2日制定公布「香港澳門關係條例」（以下簡稱「港澳條例」），規範及促進與香港及澳門之經貿、文化及其他關係。

長期以來，我國與香港、澳門交流之政策原則，係遵循在港澳維持自由經濟制度與自治地位之前提下，區別規範臺灣與大陸其他地區及臺灣與港澳之往來。支持港澳自由、民主、安定與繁榮發展，穩固臺港澳關係架構，維護臺灣人民在港澳之利益，並秉持互利互惠原則，擴大雙邊的交流合作。鑑於，臺港澳間經貿投資及人民往來日益密切，雙方海運、空運事業之發展亦日益重要，但目前雙方海運、空運事業尚無法享有相互課稅之優惠機制，相較其他國家海運、空運事業於香港、澳門經營得於互惠原則下相互減免稅捐，造成我國海運空運事業發展與國際競爭處於不利之地位，行政院爰於中華民國105年11月18日以院臺法字第1050181102號函送「香港澳門關係條例第二十九條之一修正草案」（以下簡稱本草案）請本院審議，以賦予我與香港、澳門相互減免海、空運稅捐之法源，並為協議簽署預作準備。本草案業經本院第9屆第2會期第13次會議決定，交內政委員會審查。本報告研析相關意見，並就其性別及人權影響評估結果加以檢視及分析，俾供本院委員於審查時作為參考。