(一) 農業用水問題
1.灌溉用水調蓄設施問題
臺灣年降雨量980億噸，然而因調蓄設施容量有限，約600億噸的水並未被貯留利用就直接流入海中，也就是6成以上的降雨量流失了。主因於臺灣現行水庫(含攔河堰)共有96座，有效容量為19億噸，只占年用水量177億噸的1/9，顯見我國蓄水設施不足。
2.工業用水與農業用水區域過度集中
臺灣主要缺水區域為北部石門水庫及南部曾文、烏山頭水庫。而這些區域也是主要工業區及農業地區，近20年來已有9億噸農業灌溉用水移轉供民生及工業使用，每年剩餘灌溉水權量約13億噸，該水權量尚需灌溉桃園、石門及嘉南等3個農田水利會共11.6萬公頃農田，每公頃年平均灌溉水量仍只有1.12萬噸，遠低於臺灣農田年平均灌溉水量每公頃3萬噸，顯示該地區農業用水之不穩定性極高。
(二) 降雨枯豐不均、蓄水設施不足之因應措施
1.降低農田水利設施漏水率
灌溉用水自水源取水後，透過渠道引入農田灌溉，渠道的材質及狀態與輸水效率有明顯關聯性，輸水途中可能因渠道破損而有滲漏情形，因此辦理圳路更新改善工程，除維持設施功能外，更可有效降低輸水損失。
2.推廣旱作管路灌溉設施
為維護糧食安全與農業永續發展，透過推廣耐旱作物及研發高效用水灌溉等方式，有效節省灌溉用水量，滿足缺水地區之灌溉需求。農委會輔導農民施設省水、省工及兼具灌溉、施肥、施藥等多目標管路灌溉設施，每公頃可較傳統漫灌或溝灌方式有效節省0.5萬立方公尺的灌溉用水，同時降低生產成本，提高生產競爭能力，增進水土資源有效利用。
3.建置自動水文測報及灌溉系統
經由水文監測技術，可透過自動化測報系統可即時獲取灌溉區域降雨及水文資訊，再以遠端遙控方式來控制水門開閉，有效於枯旱時期提高灌溉區域管理效能，節省灌溉用水量及管理人力，在颱風豪雨期間亦能迅速反應以減低災損。
4.配合現有掌水工及應用科技，提升農業用水灌溉效率
氣候變遷已急遽發生且不可逆轉，尤其臺灣受坡陡流急先天條件限制，水資源的調度跟保存變成非常重要。目前有關農業用水調控，係透過掌水工，在農民需灌溉時，經由掌水工於灌溉責任區的灌溉用水調配、巡查水路，以及維修責任區之給水路，已達節約用水，但礙於現有掌水工年事已高，仍應建立長遠的水資源規劃政策，利用科技提升國家的整體用水效率。在科技應用及掌水工，雙管齊下，加強灌溉管理等節流措施。
5.建立區域性蓄積能力
臺灣農業灌溉水源以河川直接引水為主，然而河川流量隨降雨豐枯變化極大，如不蓄存利用，則直接奔流入海。建議於宜蘭、桃園、台南等地利用埤塘作為地區蓄水空間，提供村落使用，這些區域若能有效利用埤塘，不輸一座水庫。另外，在苗栗、台中、南投等地，透過地下水位的表層，作為家戶農業使用。再者，屏東、高雄等地，則可利用地流水、濕地、湧泉等水源蓄積引灌。