教育部為改善高教M型化現象，107年度起實施高等教育深耕計畫(以下稱高教深耕計畫)，透過調整經費配置方式提供學生適足教育資源；該計畫期程自107年度至111年度，5年總經費836億元，107年度預算數及決算數均為166.81億元。茲說明如下：
(一)高教深耕計畫經費分配考量學校規模及學生基本需求，資源過度集中少數學校情形雖逐漸調整，惟亦引發均等發展恐不利提升競爭力之疑慮
1.近10餘年來教育部為發展我國高等教育，陸續推動邁向頂尖大學計畫(以下稱邁頂計畫)、獎勵大學教學卓越計畫(以下稱教卓計畫)、推動典範科技大學計畫等多項競爭型計畫，雖對提升我國高等教育品質頗有助益，惟過於強調績效，導致資源過度集中少數學校及大學M型化發展之後遺症。
2.高教深耕計畫旨在提供學生適足教育資源，該計畫分為2大部分，第一部分內容包括主冊(學校整體發展)、附冊(大學社會責任實踐計畫)及附錄(支持及協助學生發展)，第二部分內容主要係補助辦理國際競爭及研究中心計畫。由教育部提供經費分配情形觀察，其中頂尖大學部分，高教深耕計畫107年度所獲經費約69.24億元，較邁頂計畫106年度所獲經費55億元，增加14億餘元，至其餘大學高教深耕計畫107年度所獲經費約37.66億元，較教卓計畫106年度所獲經費15.48億元，增加22億餘元(詳附表1)。故以增加情形而言，頂尖大學所獲補助合計增加數14億餘元略少於其餘大學合計增加數22億餘元，顯示以往資源過度集中少數學校情形正逐漸調整。
3.高教深耕計畫對我國高等教育發展影響深遠，係受行政院管制之重要個案計畫，惟107年度評核等第為乙等；據行政院管制計畫評核報告略謂，高教深耕計畫執行績效多屬投入型指標，無法呈現具體實質績效，且該計畫偏向全面性提升大學品質及促進多元發展，試圖兼顧多重目標，故於推動均等發展之際，仍請前瞻規劃追求卓越。是以，高教深耕計畫之執行雖對以往資源集中少數學校現象有所調整，惟亦引發均等發展恐不利提升競爭力之疑慮，嗣後執行允宜審酌保障學生權益及提升國際競爭力之平衡點。
附表1：大學校院高教深耕計畫(107年度)及邁頂計畫、教卓計畫(106年度)經費分配概況比較表 單位：新臺幣億元
校別
高教深耕計畫107年度經費分配
邁頂計畫106年度經費分配
教卓計畫106年度經費分配
第1部分
第2部分
合計
政治大學
2.46
0.40
2.86
1.1
-
清華大學
1.38
8.62
10.00
7.6
-
臺灣大學
1.72
16.28
18.00
17.0
-
臺師大
1.32
0.75
2.07
1.3
-
成功大學
1.64
9.36
11.00
9.3
-
中興大學
2.37
1.15
3.52
1.8
-
交通大學
1.35
8.65
10.00
6.5
-
中央大學
3.10
1.05
4.15
3.9
-
中山大學
2.18
0.35
2.53
2.4
-
陽明大學
2.77
0.65
3.42
3.0
-
長庚大學
0.94
0.75
1.69
1.1
-
頂尖大學
小計
21.23
48.01
69.24
55.0
-
其餘大學
小計
35.51
2.15
37.66
-
15.48
合計
56.74
50.16
106.90
55.0
15.48
※註：1.資料來源，教育部提供。
2.邁頂計畫106年度法定預算60億元，本表所列分配經費不含頂尖研究中心等分配數及台灣科技大學分配數1億元。
3.教卓計畫106年度法定預算22.7億元，本表所列分配經費不含促進教學資源整合項目等分配數。
(二)國際競爭愈趨激烈，我國納入世界大學排名500名內之學校數未有顯著進展，且部分獲補助大學排名不升反降
1.教育雖不應僅以排名衡量，惟大學排名仍係展現國際競爭力重要之參考指標。茲以邁頂計畫補助之12所頂尖大學(詳附表2之標註*學校)納入世界大學主要排名機構500名情形觀之，邁頂計畫第2期執行前之2010(-2011)年，Times(泰晤士高等教育)排名有4所、QS(英國高等教育調查機構)排名有9所、ARWU(上海軟科)排名有7所；邁頂計畫銜接高教深耕計畫執行後，Times排名(2020)有2所、QS排名(2020)有10所、ARWU(2019)排名有2所，未有顯著進展。
2.復檢視臺灣大學、清華大學及交通大學3所大學執行邁頂計畫第2期及高教深耕計畫前後之排名，3所大學執行計畫後QS排名均上升；然Times排名均下降，臺大由115名降至120名，清大由107名降至351-400名，交大則由181名降至未列入500名內；ARWU排名臺大下降1個區間，由127名降至151-200名，清大及交大則未列入500名內。
3.邁頂計畫執行雖具成效，惟各國亦投入龐大經費提升高等教育品質，國際競爭益趨激烈；而高教深耕計畫重視均等發展，面臨我國高教環境出現吸引力下滑跡象，允宜儘速思考因應之道及發展大學多元特色，俾留住人才。
附表2：我國大專校院世界大學排名－排名500名內
校名
Times
QS
ARWU
2010
-2011
2020
2010
2020
2010
2019
*台灣大學
115
120
94
69
127
151-200
*清華大學
107
351-400
196
173
314
-
*交通大學
181
-
327
227
313
-
*成功大學
-
-
283
225
256
301-400
*陽明大學
-
-
290
287
447
-
*台灣科技大學
-
-
370
251
-
-
台北醫學大學
-
351-400
-
379
-
-
*中央大學
-
-
398
427
443
-
*台灣師範大學
-
-
451-500
331
-
-
*中山大學
163
-
401-450
410
-
-
*長庚大學
-
-
-
484
406
-
*中興大學
-
-
-
-
-
-
*政治大學
-
-
-
-
-
-
中國醫藥大學
-
-
-
-
-
301-400
高雄醫學大學
-
-
-
-
-
-
※註：1.資料來源，2010(-2011)年數據引用「教育統計指標之國際比較2016」之2010(-2011)年資料，其餘年度數據引用Times(泰晤士高等教育)、QS(英國高等教育調查機構)、ARWU(上海軟科)世界大學排名機構官網資料(查詢日：108年9月12日)。
2.本表校名列示獲邁頂計畫補助之頂尖大學(以*標於校名前，惟不另包括獲邁頂計畫補助研究中心之大學)及排名500名以內之大學。校名原則依「教育統計指標之國際比較2016」之順序列示。
3.本表年度原則以世界大學排名機構官網所列年度列示。
4.本表排名僅列各機構500名以內之排名，Times官網2010-2011年排名僅列至200名。
綜上，高教深耕計畫旨在提供學生適足教育資源，檢視107年度該計畫經費分配情形，頂尖大學所獲補助合計增加數已略少於其餘大學合計增加數，顯示以往資源過度集中少數學校情形已逐漸調整；惟近年各國投入龐大經費提升高等教育品質，致國際間爭取人才益趨激烈，邁頂計畫及高教深耕計畫雖投入龐大經費，然我國大學納入世界大學排名500名內之學校數量未見顯著增加，且部分獲補助大學排名不升反降，為消弭高教深耕計畫均等發展不利提升競爭力之疑慮，允宜參考行政院管制計畫評核意見，前瞻規劃並追求卓越，俾培育及留住人才。