行政院主計總處(以下簡稱主計總處)107年度單位決算「特種基金預算核編及執行」科目預算編列187萬元，決算數185萬6千元(實現數165萬8千元及保留數19萬8千元)，執行率99.79%，推動業務主要包括訂定中央政府總預算附屬單位預算編製辦法及整併中央及地方附屬單位預算共同項目編列作業規範等規定，俾供特種基金遵循，並專案派員實地訪查特種基金，研提具體建議送主管機關督促所屬基金改善營運，加強預算之執行等。經查：
(一)部分作業基金發生短絀，營運績效有待提升
依附屬單位預算執行要點第4點第2項之規定，作業基金應本企業化經營原則，設法提高產銷業務量，增加收入，抑減成本費用，以提升經營績效，除政策性因素導致支出較預算增加外，應達成年度法定預算賸餘目標。查107年度中央政府總決算特種基金共計78個作業基金，年度賸餘536.52億元，惟其中內政部、國防部、教育部、法務部、經濟部及原住民族委員會主管之基金卻為短絀(詳附表1)，包括營建建設基金(-37.41億元)、國軍老舊眷村改建基金(-46.76億元)、31個國立大學校院校務基金(-30.95億元)、國立社教機構作業基金(-3.91億元)、國立高級中等學校校務基金(-25.42億元)、法務部矯正機關作業基金(-0.28億元)、經濟作業基金(-1.86億元)、水資源作業基金(-8.76億元)及原住民族綜合發展基金(-4.68億元) 39個基金短絀共計160.04億元。
附表1：107年度中央政府主管機關作業基金審定餘絀統計表
單位：新臺幣千元
主管機關
作業基金數
發生虧損數
107年度餘絀
合計
78
39
53,652,684
行政院主管
1
0
15,739,644
內政部主管
1
1
-3,741,848
國防部主管
2
1
-1,904,551
財政部主管
2
0
143,181
教育部主管
55
33
-1,684,412
法務部主管
1
1
-27,723
經濟部主管
2
2
-1,061,771
交通部主管
1
0
36,711,170
國軍退除役官兵輔導委員會主管
2
0
4,501,213
科技部主管
1
0
3,893,134
農業委員會主管
1
0
94,769
勞動部主管
1
0
0
衛生福利部主管
4
0
1,288,044
文化部主管
1
0
47,395
國立故宮博物院主管
1
0
111,348
原住民族委員會主管
1
1
-468,181
考試院考選部主管
1
0
11,271
※註：1.資料來源，整理自107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告(丙-33)。
(二)部分特別收入基金未具備特定財源，需仰賴國庫撥補挹注
依預算法第 4條第 1項第 2款第 5目之規定，凡有特收入來源而供特殊用途者為特別收入基金；另中央政府非營業特種基金設立及存續原則第3 點第 2 項規定略以，非營業特種基金屬新設者，其特（指）定資金來源應具備國庫撥補以外新增適足之財源。惟中央政府107年度特別收入基金共計24個，其中部分特別收入基金未具備特定財源，需仰賴國庫撥補挹注，如行政院國家科學技術發展基金、行政院公營事業民營化基金、花東地區永續發展基金基、新住民發展基金基金、國土永續發展基金等5個基金，107年度接受國庫撥補收入占該基金收入來源9成以上(詳附表2)，而農業特別收入基金接受國庫撥補收入占比84.45%；另中央研究院科學研究基金接受國庫撥補收入占比雖僅42.61%，惟該基金來源之勞務收入254億元，主要來自科技部及其他部會補助之研究計畫，其特定財源比率甚低；前揭特別收入基金107年度接受國庫撥補金額已達886.59億元。
附表2：107年度中央政府特別收入基金以國庫撥補為主要來源統計表
單位：新臺幣千元；%
基金名稱
基金來源
(審定數)A
國庫撥補收入 (審定數)B
B/A
合計
102,243,505
88,658,709
86.71
中央研究院科學研究基金
4,669,025
1,989,438
42.61
行政院國家科學技術發展基金
35,218,300
32,721,696
92.91
行政院公營事業民營化基金
8,029,292
7,797,180
97.11
花東地區永續發展基金
1,051,655
1,044,200
99.29
新住民發展基金
302,615
300,000
99.14
國土永續發展基金
120,168
120,168
100.00
農業特別收入基金
52,912,469
44,686,028
84.45
※註：1.資料來源，整理自107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告(非營業部分）。
綜上，為促使作業基金提升營運效能，主計總處允宜賡續督促各主管機關落實基金預算管理提升營運效能方案等規定，俾利各基金短絀情形有效改善；另對於仰賴國庫撥補挹注之特別收入基金，允宜督促主管機關強化其經費使用效率與營運效能，俾使政府資源發揮最大效用。