交通部107年度資本門預算數178億3,926萬2千元，決算實現數119億3,269萬元、應付數9,203萬8千元、保留數55億2,184萬1千元，合計決算數175億4,656萬9千元。依行政院主計總處所訂中央政府決算書表格式，5千萬元以上資本支出計畫及列管之重大計畫，應依計畫別逐一填列「重大計畫執行績效報告表」，以利審計機關、立法院及外界瞭解各重大計畫之執行績效，惟交通部之部分重大計畫執行績效未能適切表達，說明如下：
(一)部分計畫因108年度執行可能性不高，107年度未執行之經費，行政院審核後免予保留
預算法第72條及第74條規定，會計年度結束後，各機關已發生而尚未清償之債務或契約責任部分，經行政院核定者，得轉入下年度列為以前年度應付款或保留數準備。交通部107年度及以前年度歲出保留款247億餘元申請保留轉入108年度繼續處理，經行政院核復其中102年度基隆火車站都市更新站區遷移計畫等14項經費合共26億餘元免予保留(以下簡稱107年度免予保留)，請交通部視業務實際需要，由108年度預算相關經費調整支應或於以後年度循預算程序辦理。爰上述重大計畫107年度未執行之經費免予保留，表示其於108年度執行可能性不高。
(二)預算執行未盡理想之部分計畫，執行率因預算調減免予保留數而提高，恐未能確實衡量執行績效
「重大計畫執行績效報告表」主要呈現各計畫預算執行率及執行進度，其中預算執行率包括本期執行率(本期執行數/可支用預算數)及累計執行率(累計執行數/截至本年度已編列預算數)。交通部考量免予保留數可能於未來年度編列預算，為避免各年度法定預算數之合計數超過計畫總經費，爰於計算重大計畫執行績效之預算數時調減免予保留數；然預算之執行係按其法定預算為之，績效之考核亦應以法定預算為基礎，甫能確實衡量各計畫之執行績效。
以交通部經行政院核定107年度免予保留逾億元之計畫為例設算，預算經調減免予保留數後所得之預算執行率，均較未調整前為高，107年度預算執行未盡理想之計畫，反因調減免予保留數為基礎之計算方式而提高預算執行率。例如：「臺北都會區大眾捷運系統後續路網新莊及蘆洲支線建設計畫」調減107年度免予保留數14億餘元後，107年度預算執行率由43%提高至81%；又如「臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-馬祖港埠建設計畫」及「淡海輕軌運輸系統」，調減107年度免予保留數各1億餘元後，107年度預算執行率由50%及59%皆提高至100%等。另，因計畫執行期程長，調減保留數對累計預算執行率之影響較不明顯，惟預算調減後之累計預算執行率亦均較調減前提高(詳附表1）。
(三)重大計畫執行績效報告表之執行數包括賸餘數，致部分計畫執行率未能適切表達計畫推動績效
各計畫之執行率，係執行數占預算數之比率，依107年度總決算編製作業手冊之規定，「重大計畫執行績效報告表」中之「執行數」係實現數、應付數及賸餘數之合計，可知，相關表達係將賸餘視為計畫推動之績效，故該表執行率包括賸餘數。當計畫依預計進度辦理時相關表達自無可厚非，惟倘計畫因故未能順利執行，依上開方式計算之執行率將無法適切表達計畫推動績效。例如「臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-馬祖港埠建設計畫」因履約爭議涉訟，俟訴訟結果確定後始能辦理結算，該計畫107年度未編列預算，其107年度可支用預算數1億326萬元均為以前年度轉入數，107年度實現數4萬7千元，預算實現率接近0；因賸餘數1億321萬4千元，數額接近可支用預算數，計入賸餘數後，該表所列之107年度預算執行率約為100%，相關表達容有檢討空間。
綜上，「重大計畫執行績效報告表」呈現各重大計畫之預算執行績效，部分交通建設計畫因下一年度執行可能性不高而經行政院審核後免予保留，然交通部重大計畫執行績效係以調減免予保留數後之預算數計算執行率，易致當年度預算執行未盡理想之部分計畫，反因此計算方式提高預算執行率；又，重大計畫執行績效係將賸餘視為計畫推動之績效，故執行數包括賸餘數，倘計畫因故未能順利執行，其執行率將無法適切表達計畫推動績效。因此，交通部之部分重大計畫執行績效未能適切表達，允宜研謀改善，俾利審計機關、立法院及外界監督。
附表1：107年度調整免予保留數對重大計畫執行績效之影響釋例
單位：新臺幣千元
計畫名稱
預計
期程
107年度
免予保留數
107年度
預算執行率
累計
預算執行率
調整前
調整後
調整前
調整後
臺北都會區大眾捷運系統後續路網新莊及蘆洲支線建設計畫
86-111
1,483,297
43%
81%
98%
100%
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-金門港埠建設計畫
101-105
143,120
19%
22%
61%
66%
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-馬祖港埠建設計畫
101-105
103,213
50%
100%
96%
100%
淡海輕軌運輸系統
102-114
160,393
59%
100%
85%
100%
臺北都會區大眾捷運系統三鶯線暨周邊土地開發計畫
104-114
132,762
87%
92%
91%
95%
高雄都會區輕軌運輸系統高雄環狀輕軌捷運建設計畫
92-109
382,000
42%
52%
78%
84%
臺北捷運系統萬大-中和-樹林線規劃報告書暨周邊土地發展計畫
99-116
111,796
93%
100%
97%
100%
※註：1.資料來源，交通部107年度單位決算「重大計畫執行績效報告表」、行政院108年3月12日院授主預經字第1080100502號函及交通部提供資料；本報告整理。
2.本表僅列交通部經行政院核定107年度免予保留逾億元之計畫。
3.107年度預算執行率=107年度執行數/107年度可支用預算數；累計預算執行率=截至107年度累計執行數/截至107年度已編列預算數。
4.調整後預算執行率係依交通部107年度單位決算「重大計畫執行績效報告表」之數值，調整前預算執行率係本報告自行計算，分母為交通部107年度單位決算「重大計畫執行績效報告表」之預算數(107年度可支用預算數、截至107年度已編列預算數)加回免予保留數而得。
5.本表僅呈現調整107年度免予保留數對重大計畫執行績效之影響。