行政院主計總處110年度「中央總預算核編及執行」科目預算編列376萬1千元，決算實現數360萬3千元，保留數14萬9千元，執行率99.81%，主要係辦理中央政府總預算之審議與編印、預算制度之研究改進及派員實地查核各公務機關預算執行等工作；另「特種基金預算核編及執行」科目預算編列217萬2千元，決算實現數196萬2千元，保留數18萬3千元，執行率98.83%，工作包括研提增進特種基金經營效能之建議，供行政院訂定施政方針參考、檢討修正附屬單位預算執行要點等相關規定，提升特種基金經費運用效能、加強各特種基金財務控管，落實財政紀律等。近年中央政府每年補助特別收入基金金額龐鉅，且持續增加，恐影響政府財政整體運用。謹說明如下：
(一)新設特別收入基金依法應有國庫撥補以外之適足財源
依據預算法第4條第1項第2款第5目規定：「有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。」且財政紀律法第8條第1、2項明定：「中央政府非營業特種基金須依法律或配合重要施政需要，按預算法第4條規定，並應具備特（指）定資金來源，始得設立。」、「前項基金屬新設者，其特（指）定資金來源應具備政府既有收入或國庫撥補以外新增適足之財源，且所辦業務未能納入現有基金辦理。」準此，特別收入基金依規定應有國庫撥補以外之特定收入來源，且足供支應其特殊用途，以維持基金運作。亦即特別收入基金係以「專款專用」之作法，運作於推動特定政務目的所設置，其為收支獨立之財務與會計個體，自應本自給自足原則，力求有賸餘無短絀。
(二)中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入數額，於109及110年度連續2年突破千億元，8個特別收入(分)基金接受國庫撥補收入連續2年逾9成
110年度特別收入基金有25個單位（含28個分預算），短絀之基金有11個單位，共計短絀278億餘元，其餘14個單位均有賸餘，共計賸餘785億餘元。106年度至110年度中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額，介於907億餘元至1,075億餘元之間，且概呈成長趨勢，且自109年度起超逾千億元；占基金來源之比率介於31.61%至39.78%之間，則概呈下降趨勢；其中各年有10個、8個、9個、9個、8個(分)基金該比率達9成以上，合計接受公庫撥補收入分別為807億餘元、702億餘元、810億餘元、800億餘元及760億餘元。
上開110年度接受公庫撥補收入占比逾9成之8個特別收入(分)基金為行政院國家科學技術發展基金、花東地區永續發展基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金、農業天然災害救助(分)基金、農產品受進口損害救助(分)基金及家庭暴力及性侵害防治(分)基金等，均係自109年度起連續2年接受公庫撥補9成以上者，其中花東地區永續發展基金接受公庫撥補收入占比提升，顯示益加仰賴公庫撥補情形 (詳表1)。另依據審計部110年度中央政府總決算附屬單位決算及綜計表審核報告非營業部分，離島建設基金收支長期失衡，連年發生短絀，基金餘額恐於2年內呈現負數，亟待研謀改善。
綜上，中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入數額，於109及110年度連續2年突破千億元，部分特別收入(分)基金接受國庫撥補收入逾9成，其中8個(分)基金接受國庫撥補收入連續2年逾9成，增加政府財政負擔，允宜落實檢討各該基金應具備國庫撥補以外財源之適足性，強化基金財務責任，俾減輕政府財政負擔，增加可彈性規劃運用資源。
表1 109至110年度特別收入(分)基金接受公庫撥款收入占比逾9成明細表 單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算
分預算
109年度
110年度
金額
占比
金額
占比
行政院國家科學技術發展基金
348.37
95.74
350.40
95.71
花東地區永續發展基金
9.40
95.24
255.82
99.95
新住民發展基金
5.00
99.60
5.00
98.27
國土永續發展基金
0.92
100
0.92
98.43
毒品防制基金
4.71
98.33
4.25
97.32
農業特別收入基金
農業天然災害救助基金
18.05
99.89
23.12
99.89
農產品受進口損害救助基金
135.49
93.72
118.53
91.31
農村再生基金
276.46
99.57
--
--
衛生福利特別收入
家庭暴力及性侵害防治基金
2.40
97.82
2.35
97.70
金額小計
800.80
760.38
說 明：1.本表109及110年度為決算審定數。
2.毒品防制基金係於108年度設立。
3.表格內虛線代表該基金該年度無公庫撥款收入，或公庫撥款收入占基金來源比率未達9成。
4.政府撥入收入含其他政府機關奬補助收入，上表僅計算公庫撥款收入。
資料來源：主計總處。