112年度我國健保總額達8,364億元，健保資料庫已累計84年3月迄今逾2,300萬名國民之醫療紀錄，其中105年度至112年度4月底使用健保資料庫進行研究之計畫達119件。經查：
(一)健保資料庫之運用規範
為促進健保資源共享及保障個人健康隱私，衛福部訂定「全民健康保險保險人資訊整合應用服務中心作業要點」，並於105年成立「全民健康保險保險人資訊整合應用服務中心」。依上開作業要點，開放使用之健保資料均已去識別化，至於資料申請使用資格計有政府機關之公務需求、學術研究及其他專業機構之研究用途需求等2類。另經審核通過之資料申請使用者，須依「全民健康保險保險人資訊整合應用服務收費標準」規定繳交相關費用。
自105年度至111年度間，使用健保資料庫進行研究且已結案之計畫共87件，資料庫使用規費合計2,661萬6千元。
(二)憲法法庭111年憲判字第13號判決健保資料庫2次利用部分違憲
有關健保署將健保資料對外提供學術研究等，是否逾原始蒐集健保資料目的（辦理健保業務）存有爭議，對此憲法法庭111年8月12日作出111年憲判字第13號判決，摘述如下：
1.個人資料保護法第6條第1項但書第4款合憲：左列但書第4款規定與法律明確性原則、比例原則尚屬無違，不牴觸憲法第22條保障人民資訊隱私權之意旨。
2.健保資料利用相關規範，應於3年內修正健保法或制定專法：個人健保資料得由健保署以資料庫貯存處理、對外傳輸及提供利用之主體、要件、範圍暨監督防護機制等，健保法第79條、第80條及相關法律欠缺明確規定，不符憲法第23條法律保留原則，應於3年內修健保法或其他法律，或制定專法。
3.健保資料之停止利用權，應於3年內制定或修正相關法律：健保署就個人健康保險資料之提供公務機關或學務研究機構於原始蒐集目的外利用，欠缺當事人得請求停止利用之規定，違反憲法第22條保障人民資訊隱私權意旨，應於3年內制定或修正相關法律。逾期未制定或修正相關法律者，當事人得請求停止上開目的外利用。
(三)健保署已委託專業機構研究資料保護、退出權、獨立監督機制等事項
據健保署說明因應上開憲判字第13號判決之規劃略以，已於112年4月及5月開會蒐集利害關係團體就資料利用與分享方式之意見，並就資料保護、退出權、獨立監督機制等委託專業機構研究，冀完備法制以促進健保資料利用，並將向衛福部報告，以確認後續修法方向。針對仍使用健保資料庫而尚未結案計畫，該署表示目前未受影響，並無計畫中斷、中止或退費等情事。
(四)宜妥慎規劃行使退出權法制，俾利對外提供之健保資料庫內容仍符合統計學上所要求之不偏、有效與一致標準
依健保署提供資料，截至112年4月底止，使用健保資料庫進行研究且尚未結案之研究計畫共32件、使用資料庫規費合計1,199萬3千元(詳表3-5-1)，其中金額最高之計畫係「十大癌症及其高風險族群的預防策略與治療效益」。
針對蒐集健保資料應否提供人民事前同意權或事後退出權，依監察院109內調0096調查報告參照最高行政法院判決理由：「…至於基於『個人資訊隱私權』之考量，而徹底排除特定主體之個人資料，其手段太過，有礙於公益之實踐。…但如果容許少數人退去，…多數人也可比照辦理，如此可能引發退出風潮…，造成資料蒐集投入成本之虛耗。」，爰憲判字第13號判決有關健保法應於3年內修法或另立專法，以規範當事人健保資料停止利用權等，允宜審酌當行使停止利用權達何等比率或人數時，對外提供之健保資料庫內容仍可維持樣本數據在統計學上所要求之不偏、有效與一致標準。
表3-5-1 截至112年4月底使用健保資料庫未結案之研究計畫表
單位：新臺幣元
年度
計畫名稱
使用規費金額
109
從照護連續性邁向協調性照護：全民健保雲端藥歷系統的影響評估
601,500
109
臺灣慢性阻塞性肺病之治療型態與結果分析
349,750
109
台灣長期重症患者發生率、特性以及預後相關因素 – 2008~2017年趨勢分析
664,750
110
擁有家庭醫師是否提升照護連續性與降低死亡率？
620,250
110
台灣居家醫療利用，長期趨勢及其影響因素之探討
104,800
110
以大數據研究糖尿病病患以及慢性腎病變病患之長期預後
509,000
110
心房顫動、心臟衰竭、癌症、與腦中風之藥物流行病學研究
461,000
110
中綱計畫[運用陰性對照組評估干擾因素控制策略的表現對真實世界資料研究的影響] – 癌症病人接受標靶藥品治療之代謝性併發症探討
226,000
110
照護連續性、TW-DRG為基礎前瞻性支付及醫院策略與醫療服務使用及照護結果之關係
99,500
110
台灣健保申報資料主要疾病診斷編碼準確度評估
217,250
110
以真實世界資料評估慢性阻塞性肺病病人處方型態、探討藥物療效與安全性、量度疾病負擔
356,000
110
以健保資料探討糖尿病患接受胰島素治療相關問題
217,500
110
牙周病統合照護計畫對糖尿病病人治療效果與醫療利用影響之分析
297,000
110
住院病人就醫經驗調查運作模式之先驅研究
230,250
111
探討新型心血管及糖尿病藥物治療對於心房顫動合併糖尿病患者之心血管事件的影響
455,000
111
台大醫院雲林分院109年健康加值計畫
561,750
111
評估使用口服和吸入型藥物治療肺部疾病的療效和安全性
665,250
111
台灣原住民族、離島及偏鄉地區醫事人力需求推估
93,750
111
社區導向整合照護之論人計酬給付方案預算模擬及誘因設計
254,000
111
醫療給付改善方案成效評估
601,000
111
我國醫療資源使用效率之門檻效應分析
97,250
111
孕期使用抗病毒藥物預防B型肝炎病毒的母嬰傳染
241,500
111
慢性阻塞性肺病經驗統計研究－以全民健康保險資料庫為基礎
351,000
111
處置經驗發生率統計研究－以全民健康保險資料庫為基礎
371,500
111
影響末期腎臟病患生命末期醫療決策之因素
380,500
111
全國資料庫分析：COVID-19疫情對病患與醫療院所之影響
639,000
111
十大癌症及其高風險族群的預防策略與治療效益
971,000
111
分析真實世界數據評估鈉-葡萄糖協同轉運蛋白-2抑制劑對於第二型糖尿病合併中重度慢性腎病患者的腎臟安全性和保護效果
356,750
111
新冠肺炎對於台灣健保之影響
64,000
111
建立慢性呼吸道疾病預後預測模型及預後因子分析
348,500
111
疫情下的居家醫療改變與需求 - 差異中的差異法資料庫研究
223,500
111
產檢婦女B肝陽性率之相關性研究
363,000
合計
11,992,800
資料來源：健保署提供。
(五)賡續使用健保資料庫之研究主題多為我國10大死因，宜審酌本判決對後續研究之影響
截至112年度4月底止使用健保資料庫進行研究之計畫共32件，研究領域包含肺病、糖尿病、癌症、腦中風等(詳表3-5-1計畫名稱粗體字)，多為111年度我國10大死因(詳表3-5-2)。考量以健保資料庫進行研究計畫之成果或有助於醫學發展，衛福部宜妥適規劃資料退出權之設計，密切觀察本判決對後續研究之影響，以兼顧個資保護及健保資料庫研究計畫之成效。
表3-5-2 111年度我國前10大死因表 單位：人
排序
主要死因
死亡人數
1
癌症
51,927
2
心臟疾病（高血壓性疾病除外）
23,668
3
嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)
14,667
4
肺炎
14,320
5
腦血管疾病
12,416
6
糖尿病
12,289
7
高血壓性疾病
8,720
8
事故傷害
6,953
9
慢性下呼吸道疾病
6,494
10
腎炎、腎病症候群及腎病變
5,813
小計
157,267
111年度總死亡人數
208,438
111年度前10大死因死亡人數占當年度死亡人數比率
75.45%
資料來源：整理自衛福部網站。
綜上，針對憲法法庭判決健保資料庫2次利用部分違憲，衛福部允宜妥適規劃資料利用退出權等細部及相關法制規定，俾兼顧個人資料保護及利用資料庫進行研究計畫之成效。