(一)國發基金應本設置宗旨及其業務範圍，以早期、初創或創新轉型企業為優先投資目標
行政院國家發展基金(以下簡稱國發基金)依「產業創新條例」第29條設立，其設置目的係配合國家產業發展策略，投資於產業創新、高科技發展、能資源再生、綠能產業、技術引進及其他增加產業效益或改善產業結構有關之重要事業或計畫，以達成促進產業升級及改善產業結構之目標。另依「行政院國家發展基金投資創業投資事業之審查及管理要點」第1點規定，國發基金投資之創投事業，其投資案源亦應以新創事業為主。
換言之，國發基金投資目的在於協助民間企業發展，而非以獲取上市(櫃)公司之股利收入為主要投資考量因素，故其投資方式係以財務性投資人角色，提供資金分擔創新產業風險，促進民間投入創新事業，並借重民間專業經營，以推動國內產業發展。基於上述原則，國發基金應依其設置目的，並配合國家總體投資規畫及施政重點，以新創事業或經營面臨困境、需要政府資金協助之企業為優先投資目標。
(二)103至111年度國發基金部分投資計畫執行情形未臻理想，亟待妥作事前規劃並控管執行，俾利預算資源有效運用
國發基金各項投資計畫所需經費龐鉅，爰於籌編預算時，應提具整體投資規劃構想及完整財務計畫，並加強管控機制，俾利業務遂行；惟觀察國發基金近年「各項投資」業務計畫預算編列及執行情形可發現，103至111年度該基金主要業務計畫編列增加投資預算數介於90億元至226億元間，執行結果，執行數僅介於34.51億元至110.41億元、預算執行率則介於16.88%至92.00%之間，其中除111年度外，其餘年度均未達8成，執行情況欠佳。
國發基金「各項投資」業務計畫可概分為「直接投資」、「創業投資事業」及「專案投資」等3大投資類別；檢視近年(103至111年度)「各項投資」業務計畫預算之執行情形可發現，除111年度「直接投資」之執行率113.34%(以下同)、110年度「創業投資事業」之137.63%及109年度「專案投資」之172.26%外，其餘年度多未達6成(詳表20)，亟待妥為縝密整體考量規劃及強化投資計畫事前審議機制，並持續監督控管計畫執行狀況，俾利預算資源有效分配及運用。
(三)國發基金現有投資事業多侷限於過去已成功扶植之高科技產業，或為上市(櫃)公司，與該基金係為扶植國內早期、初創企業之政策目標不符
截至111年12月底，國發基金直接投資重要新興事業計68家，其中股票上市公司21家、上櫃公司12家、興櫃公司5家、公開發行公司3家，尚未公開發行公司27家，合計投資金額為717.06億元；其中投資事業為已上市、上櫃、興櫃公司計38家，占整體投資家數之55.88%，比率偏高。另同期間國發基金直接投資重要新興事業之投資年限超過10年以上(不含10年)之家數計有33家(占總家數之48.53%，以下同)，20年以上亦有27家(39.70%)，甚有4家（5.88%）投資年限已逾30年以上(詳表21)，雖有長期穩定獲利，惟108年9月監察院調查發現，國發基金對所投資事業長期持有之投資策略，除與其「加速產業創新加值，促進經濟轉型及國家發展」之設置目的未盡相符外，且易排擠新投資及導致該基金執行率長期低落，爰國發基金應積極檢討現有投資有無退場之必要，將資金用於扶植早期、初創或創新轉型企業，達成基金設置之目的。
(四)國發基金於105年7月設立「產業創新轉型基金」，並匡列1,000億元作為產業創新轉型之用，惟執行迄今僅投入51.12億元，尚待賡續加強推動
有鑑於台灣產業面對中國大陸紅色供應鏈及新興國家低廉生產成本搶單等威脅，亟需強化創新能量與提高附加價值以加速轉型步伐；基此，國發基金為協助國內企業創新轉型，帶動民間投資動能，於105年7月設立「產業創新轉型基金」，由國發基金及民間投資人共同投資，期能以國發基金匡列之投資額度1,000億元，帶動5,000億元之投資動能。經統計，截至112年3月底止，執行迄今已近7年，「產業創新轉型基金」僅辦理15案，投入資金僅約51.12億餘元，占「產業創新轉型基金」規模0.51%，比率偏低，國發基金允應持續積極拓展優質投資案源參與投資以提升政府基金運用績效。
表20 103至113年度國發基金「各項投資」計畫中3大投資類別預、決算情形 單位：新臺幣億元
年度
直接投資
創業投資事業
專案投資
預算數
執行數
執行率%
預算數
執行數
執行率%
預算數
執行數
執行率%
103
20
8.50
42.50
40
5.66
14.15
40
21.75
54.38
104
28
14.96
53.43
40
19.08
47.70
22
12.95
58.86
105
36
10.03
27.86
21
13.13
62.52
147.5
11.35
7.69
106
150
83.17
55.45
30
15.03
50.10
24
7.37
30.71
107
121.1
41.80
34.52
46
11.24
24.43
25
9.27
37.08
108
155
69.45
44.81
48
16.79
34.98
23
13.52
58.78
109
153
29.80
19.48
50
18.54
37.08
23
39.62
172.26
110
60
32.40
54.00
30
41.29
137.63
20
12.49
62.45
111
65
73.67
113.34
35
22.50
64.29
20
14.23
71.15
112
55
NA
NA
40
NA
NA
25
NA
NA
113
55
NA
NA
40
NA
NA
30
NA
NA
說 明：國發基金105年度原編列專案投資臺灣金控及臺灣土地銀行公司126億元，經行政院105年6月23日研商會議決議調整政策，該基金實際未參與各該公司之現金增資；如經排除前揭政策調整特殊因素，105年度「各項投資」業務計畫預算數為78億5,000萬元，執行率為43.94%。
資料來源：國發基金提供。
表21 截至111年底國發基金直接投資重要新興事業投資年限統計表
投資年數
投資期間
家數
0-10年
102-111年度
35
11-14年
98-101年度
1
15-19年
93-97年度
5
20-29年
83-92年度
23
30年以上
82年度以前
4
合 計
-
68
資料來源：行政院國家發展基金111年第4季季報，行政院國家發展基金管理會。