國立大學校院為促進財務之彈性運作，依國立大學校院校務基金設置條例規定設置校務基金，而教育部為發展高等教育及提升學校資源使用效率，112年度於「國立大學校院教學與研究輔助」及「國立大學校院校務及附設醫院基金」計畫分別編列預算數465億3,359萬2千元及37億3,482萬7千元(決算數相同)，以補助各校務基金教學、研究經費及資本支出經費。實際執行結果說明如下：
(一)校務基金如發生年度決算實質短絀，教育部得命其限期改善
依「國立大學校院校務基金管理及監督辦法」第21條及第30條對校務基金之監督機制，「年度決算實質短絀」為校務基金執行缺失或異常事項之一，若校務基金發生年度決算實質短絀，教育部得命學校限期改善。而年度決算實質短絀，指學校年度收支餘絀依一般公認會計原則須調整加回國庫撥款購置資產所提列之折舊、折耗及攤銷費用後，仍為短絀之情形。
詢洽教育部衡量年度決算實質餘絀之計算方式，係決算餘絀加回「不計入餘絀計算之折舊、攤銷費用」，再減去「本年度遞延收入轉列收入金額」，以反映大學校院校務基金營運及財務運作績效。其中「不計入餘絀計算之折舊、攤銷費用」包括代管資產之折舊費用，政府補助款及民間捐贈指定用於資本支出所增置資產之折舊費用，與其他財源增置資產之折舊費用乘以最近5年國庫撥款增置之比率。
(二)112年度校務基金整體決算雖為短絀，然為實質賸餘，惟較111年度決算實質賸餘減少，且逾半數校務基金實質賸餘均較111年度下降
國立大學校院校務基金112年度整體決算短絀共計32億963萬5千元，47所學校之校務基金雖僅15所為決算賸餘，如據上開方式加計折舊、攤銷等費用後，47個校務基金均為決算實質賸餘，合計56億2,044萬元，惟較111年度決算實質賸餘60億4,933萬8千元，減少4億2,889萬8千元(減幅7.09%)，且其中30個校務基金實質賸餘較111年度下降(詳表1)。
綜上， 47所國立大學校院校務基金112年度決算雖為短絀，如調整加回折舊、折耗及攤銷等費用後皆為實質賸餘，惟整體實質賸餘較111年度下降，且其中逾6成之校務基金決算實質賸餘較111年度減少，教育部允宜依國立大學校院校務基金管理及監督辦法等法令，確實督導大學校院檢討實質賸餘減少原因，並落實開源節流措施，俾利永續經營。
表1 國立大學校院校務基金111及112年度決算餘絀及實質餘絀概況表
單位：新臺幣千元
學校名稱
111年度
112年度
決算餘絀
實質餘絀[A]
決算餘絀
實質餘絀[B]
增減比率[(B-A)/A]
合計
-2,551,012
6,049,338
-3,209,635
5,620,440
-7.09
臺灣大學
344,106
1,152,227
24,422
833,082
-27.70
政治大學
98,832
284,891
31,935
230,026
-19.26
清華大學
-147,407
340,179
-145,108
365,953
7.58
中興大學
-269,926
13,973
-430,169
22,477
60.86
成功大學
-108,592
420,063
-104,334
422,962
0.69
中央大學
-174,181
57,723
-198,402
53,425
-7.45
中山大學
-152,942
368
-171,485
343
-6.79
中正大學
-299,471
29,417
-278,230
65,086
121.25
臺灣海洋大學
-180,592
-34,614
-146,759
3,539
-110.22
東華大學
-178,668
40,295
-192,584
26,971
-33.07
暨南國際大學
-91,387
24,571
-52,874
79,503
223.56
臺北大學
71,531
146,196
2,637
70,360
-51.87
嘉義大學
-5,053
76,282
7,763
84,985
11.41
高雄大學
-91,011
6,969
-98,574
1,815
-73.96
臺東大學
-177,876
21,070
-135,253
46,403
120.23
宜蘭大學
40,607
212,584
1,224
174,894
-17.73
聯合大學
6,818
126,525
5,410
118,134
-6.63
臺南大學
-46,133
12,240
-53,501
6,103
-50.14
金門大學
37,361
104,495
16,316
83,415
-20.17
屏東大學
-101,534
49,710
-39,848
74,706
50.28
陽明交通大學
-279,930
238,084
-299,184
227,964
-4.25
臺灣師範大學
-57,639
181,014
-32,118
220,851
22.01
彰化師範大學
-90,832
51,303
-93,181
33,419
-34.86
高雄師範大學
-69,878
32,548
-79,503
21,165
-34.97
臺北教育大學
12,408
59,260
8,561
59,056
-0.34
臺中教育大學
-16,606
41,671
-13,746
48,086
15.39
臺北藝術大學
-7,930
47,800
-7,568
61,648
28.97
臺灣藝術大學
64,205
183,196
43,456
179,771
-1.87
臺南藝術大學
-27,271
18,251
-22,286
26,272
43.95
空中大學
160,625
171,908
113,157
123,834
-27.96
臺灣科技大學
877
237,689
-34,477
213,864
-10.02
臺北科技大學
26,346
395,205
20,234
362,365
-8.31
雲林科技大學
-156,305
84,043
-151,483
77,870
-7.35
虎尾科技大學
-123,399
60,813
-171,870
33,803
-44.41
屏東科技大學
-119,713
11,195
-92,475
35,946
221.09
澎湖科技大學
-44,347
38,949
-60,774
22,435
-42.40
勤益科技大學
-36,493
111,310
-46,496
102,314
-8.08
臺北護理健康大學
-4,841
84,243
23,705
107,429
27.52
高雄餐旅大學
-67,847
22,042
-61,719
22,404
1.64
臺中科技大學
10,399
129,422
8,584
127,724
-1.31
臺北商業大學
19,276
146,503
45,824
134,406
-8.26
高雄科技大學
-159,853
391,574
-151,797
408,870
4.42
體育大學
-28,488
59,998
-59,600
45,829
-23.62
臺灣體育運動大學
-36,198
59,199
-47,854
48,805
-17.56
臺灣戲曲學院
4,394
68,160
15,722
80,444
18.02
臺南護理專科學校
-22,659
32,603
-25,882
28,741
-11.85
臺東專科學校
-73,795
6,191
-79,451
942
-84.78
說 明：1.各校餘絀數與合計數之差異係進位尾差。
2.實質餘絀均不含實驗國民小學。
資料來源：教育部提供。