112年度中研院南部院區預算數8億5,840萬6千元，決算數8億3,128萬4千元(包括實現數2億4,795萬8千元、保留數5億8,332萬6千元)，執行率96.84%(含保留數)，賸餘數2,712萬2千元。經查：
(一)南部院區綜合規劃計畫因多次流標及缺工缺料、原物料上漲等因素影響，計畫期程展延至113年度
行政院104年8月核定南部院區先期規劃報告，其研究領域依南部地區發展特色及中研院願景進行規劃，設定前瞻技術、光電綠能、農業生技及考古等4大研究主軸；嗣行政院於106年7月14日核定「中央研究院南部院區綜合規劃」，除納入先期規劃之內容外，考量學術發展及科學研究，將研究方向調整為農業生技、循環永續及臺灣文史，並以基礎創新、探索新方向等，深化、輔助五加二產業及其他創新產業，期將中研院既有研究能量於南、北院區進一步擴張。復因近年來國際間量子科技快速發展，該院於南部院區推動「發展量子科技及興建實驗大樓計畫」以推動我國量子科技研究領域之發展，再予調整研究方向為農業生技、循環永續、臺灣文史及量子科技等研究，以發揮科技研發之綜效；惟因工程標案多次流標，及營造業缺工缺料、營建物價上漲等因素，迄112年度「南部院區綜合規劃」已4次修正計畫，計畫期程由110年度展延至113年度，計畫總經費58.3億元，包含用地取得15.45億元、工程費42.85億元。
(二)108年度以來，南部院區綜合規劃計畫之保留數甚鉅，允宜持續管控工程進度，俾南部院區院務順利推動
南部院區綜合規劃計畫總經費58.3億元，截至112年度已編列預算數57億1,587萬6千元，累計執行數53億2,048萬8千元，計畫執行率93.08%(詳表1)。惟依中研院112年度決算書所載，南部院區年度歲出預算數8億5,840萬6千元，惟保留數達5億8,332萬6千元，其中南部院區綜合規劃計畫保留數3億9,537萬2千元，占南部院區總保留數之67.78%；據該院表示，112年度南部院區綜合規劃案保留款3.95億元，主要係研究大樓II及綜合大樓之智慧建築標章，廠商尚待辦理，按契約約定，須待廠商取得標章並完成工程結算作業，始能支付工程尾款。鑒於南部院區計畫因招標流標等因素，計畫期程已多次展延至113年度，且108年度以來保留數額甚鉅，為利如期如質完工，允宜持續管控工程進度，俾南部院區院務順利推動。
表1 105至112年度中研院南部院區綜合規劃計畫預、決算統計表
單位：新臺幣千元
年度
可支用預算數
決算數
以前年度
本年度
合計
實現數
保留數
賸餘數
合計
105
0
88,000
88,000
88,000
0
0
88,000
106
0
1,487,000
1,487,000
1,461,831
25,169
0
1,487,000
107
25,169
246,014
271,183
69,938
201,245
0
271,183
108
201,245
1,090,450
1,291,695
368,338
923,356
0
1,291,695
109
923,356
986,961
1,910,317
1,353,285
557,032
0
1,910,317
110
557,032
685,636
1,242,668
574,315
668,354
0
1,242,668
111
668,354
724,200
1,392,554
701,066
691,472
0
1,392,539
112
691,472
407,615
1,099,087
703,715
395,372
15
1,099,087
合計
-
5,715,876
-
5,320,488
395,372
15
5,715,876
說 明：1.保留數含以前年度預算保留。
2.細數之和與合計數或略有差異，係四捨五入關係。
資料來源：中研院提供。
綜上，南部院區計畫因多次流標及缺工缺料等問題，業經4次修正及展延至113年度，且108年度以來該計畫保留數均甚鉅，恐影響南部院區院務推動及相關研究計畫之推展，允宜持續管控工程進度，俾利如期如質完工。