行政院主計總處(下稱主計總處)113年度「中央總預算核編及執行」預算數531萬4千元、決算數530萬1千元，「特種基金預算核編及執行」預、決算數均為266萬1千元，上述2計畫執行率各為99.76%及100%。截至113年度，中央政府作業基金計76個(含102個分預算)，特別收入基金計27個(含29個分預算)，惟部分作業基金決算收支發生短絀，另部分特別收入基金高度仰賴國庫撥補，且發生決算收支由餘轉絀或連年短絀之情形，謹敘明如次：
(一)逾六成之作業基金113年度決算收支發生短絀，允宜強化業務績效，俾達成年度賸餘或短絀改善之目標
依「附屬單位預算執行要點」第4點第3項規定：「作業基金應本財務自給自足原則，設法提高業務績效，降低生產或服務成本，以提升資源使用效益，達成年度法定預算賸餘或短絀改善目標。」113年度中央政府總決算附屬單位決算及綜計表審核報告(非營業部分)指出，76個作業基金之決算賸餘共719.53億元，其中內政部、國防部、教育部、法務部、經濟部、農業部、文化部及原住民族委員會主管之46個作業基金發生短絀(詳表1)，包括營建建設基金(-77.04億元)、國防醫學院軍事教育基金(-0.16億元)、36個國立大學(專科)校務基金(-36.96億元)、教育部所屬機構作業基金(-4.90億元)、國立高級中等學校校務基金(-29.85億元)、法務部矯正機關作業基金(-0.97億元)、水資源作業基金(-22.55億元)、農業作業基金(-0.88億元)、農田水利事業作業基金(-1.55億元)、國立文化機構作業基金(-0.07億元)及原住民族綜合發展基金(-6.53億元)，占比逾六成，短絀金額合計181.45億元。
表1 113年度中央政府主管機關作業基金審定餘絀統計表
單位：個；新臺幣千元
主管機關
作業基金數
發生虧損數
113年度餘絀
合計
76
46
71,953,494
行政院主管
1
0
25,395,695
內政部主管
2
1
-7,666,056
國防部主管
3
1
2,958,229
教育部主管
52
38
-2,076,381
法務部主管
1
1
-96,672
經濟部主管
2
1
3,537,754
交通部主管
1
0
33,332,474
國軍退除役官兵輔導委員會主管
2
0
6,996,179
國家科學及技術委員會主管
1
0
7,836,910
農業部主管
2
2
-242,904
勞動部主管
1
0
0
衛生福利部主管
4
0
2,548,328
文化部主管
1
1
-6,906
國立故宮博物院主管
1
0
45,702
原住民族委員會主管
1
1
-652,536
考試院考選部主管
1
0
43,679
說 明：各主管機關113年度餘絀數因四捨五入，致與合計數存有差異。
資料來源： 113年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告(非營業部分)，本中心整理。
(二)112及113年度，計有9個特別收入(分)基金之收入連續2年逾九成係由國庫撥補
預算法第4條第1項第2款第5目規定：「有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。」另「中央政府特種基金管理準則」第4條第3項規定略以，特別收入基金應在法律或政府指定之財源範圍內，提升資源使用效率，以達成基金設立目的；在特別收入基金之財源籌措方面，參照財政紀律法第8條第1、2項規定：「中央政府非營業特種基金須依法律或配合重要施政需要，按預算法第4條規定，並應具備特(指)定資金來源，始得設立。」、「前項基金屬新設者，其特(指)定資金來源應具備政府既有收入或國庫撥補以外新增適足之財源，且所辦業務未能納入現有基金辦理。」是以，特別收入基金屬收支獨立個體，為避免增加國庫負擔，應具備國庫撥補以外之適足收入來源，俾足供支應其法定用途，以維持基金穩健運作。
據中央政府特別收入基金112及113年度決算資料，該2年度計有行政院國家科學技術發展基金等9個特別收入基金，連續2年其收入逾九成來自國庫撥款(詳表2)，其中離島建設基金、國土永續發展基金及農業天然災害救助(分)基金等3個基金，國庫挹注比率甚達99%以上；至同期間該等基金之國庫撥款收入規模變動情形，除新住民發展基金、中小企業發展(分)基金及農產品受進口損害救助(分)基金等3個特別收入基金外，其餘6個特別收入基金113年度國庫撥款收入金額較112年度增加，容待提升財務自主性。
表2 112及113年度連續2年國庫撥款收入占比逾九成之特別收入(分)基金明細表 單位：新臺幣億元；%
年度別
基金別
112
113
國庫撥款收入金額(A)
(A)占基金來源
比率
國庫撥款收入金額(A)
(A)占基金來源
比率
行政院國家科學技術發展基金
388.79
96.23
425.22
96.28
離島建設基金
8.44
99.83
8.66
99.88
新住民發展基金
4.00
98.09
4.00
98.28
國土永續發展基金
100.00
99.50
101.03
99.48
毒品防制基金
5.67
98.63
6.62
96.87
中小企業發展(分)基金
27.12
96.47
27.12
94.77
農業天然災害救助(分)基金
51.81
99.81
81.95
99.84
農產品受進口損害救助(分)基金
159.94
93.61
137.63
93.60
家庭暴力及性侵害防治(分)基金
4.47
96.22
7.10
97.40
資料來源：各特別收入基金112及113年度決算書。
(三)111至113年度決算特別收入基金整體收支雖有賸餘，惟部分特別收入基金發生由餘轉絀或連年收支短絀情形，允宜檢討
依111至113年度中央政府總決算附屬單位決算及綜計表審核報告(非營業部分)，27個特別收入基金決算合計賸餘之規模介於592億餘元至822億餘元間，惟研發及產業訓儲替代役基金自112年度起由餘轉絀，促進轉型正義基金、警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金、航港建設基金則自113年度起由餘轉絀，至花東地區永續發展基金、農業特別收入基金、通訊傳播監督管理基金及反托拉斯基金111至113年度則均短絀(詳表3)，容待強化該等基金之財務管控措施。
表3 特別收入基金111至113年度決算收支餘絀概況表
單位：新臺幣千元
年度別
基金別
111
112
113
合計
69,765,475
59,234,701
82,221,057
中央研究院科學研究基金
448,929
533,297
29,355
行政院國家科學技術發展基金
2,931,288
2,786,626
2,108,235
離島建設基金
(1,239,606)
23,093
175,895
行政院公營事業民營化基金
622,599
114,811
-
花東地區永續發展基金
(2,390,785)
(2,822,822)
(4,389,978)
促進轉型正義基金
948,726
541,693
(9,061)
新住民發展基金
132,484
67,603
51,228
研發及產業訓儲替代役基金
1,539
(8,984)
(16,456)
警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
(7,704)
1,612
(27,304)
國土永續發展基金
8,929,237
9,648,351
9,638,754
學產基金
631,914
106,416
154,202
運動發展基金
289,931
741,848
278,090
私立高級中等以上學校退場基金
(9,493)
(23,751)
166,699
毒品防制基金
(157,967)
(98,783)
38,575
經濟特別收入基金
2,937,923
461,466
2,718,097
核能發電後端營運基金
23,331,299
22,501,728
22,628,539
航港建設基金
2,801,866
43,337
(2,190,138)
核子事故緊急應變基金
18,179
28,427
25,807
農業特別收入基金
(2,920,949)
(9,249,700)
(11,169,679)
就業安定基金
(7,647,633)
(1,127,308)
5,009,158
衛生福利特別收入基金
39,816,998
33,225,683
54,291,126
環境保護基金
(666,392)
628,461
1,203,821
文化發展基金
-
108,926
382,499
金融監督管理基金
1,243,684
1,051,397
1,178,481
通訊傳播監督管理基金
(264,948)
(8,290)
(56,592)
有線廣播電視事業發展基金
12,263
15,533
19,503
反托拉斯基金
(27,907)
(55,969)
(17,801)
說 明：1.原大專校院轉型及退場基金自112年起更名為私立高級中等以上學校退場基金；文化發展基金自112年度設立；行政院公營事業民營化基金於113年1月1日起裁撤。
2.基金年度收支有短絀者以括弧標示。
資料來源：審計部111至113年度「中央政府總決算附屬單位決算及綜計表審核報告-非營業部分」，本中心彙整。
綜上，113年度決算逾六成作業基金收支短絀，主計總處允宜賡續督促各主管機關落實基金預算管理，設法提高業務績效，以改善基金短絀情形；另部分特別收入基金或高度仰賴國庫挹注，或年度收支發生短絀，允宜督促主管機關提升基金財務自主性及強化財務收支管理，俾減輕國庫負擔及符合基金設置目的。