國立大學校院為促進財務之彈性運作，依國立大學校院校務基金設置條例規定設置校務基金，而教育部為發展高等教育及提升學校資源使用效率，113年度於「國立大學校院教學與研究輔助」及「國立大學校院校務及附設醫院基金」計畫分別編列預算數496億2,157萬3千元及37億6,065萬2千元 (決算數相同)，以補助各校務基金教學、研究經費及資本支出經費。實際執行結果說明如下：
(一)校務基金如發生年度決算實質短絀，教育部得命其限期改善
依國立大學校院校務基金管理及監督辦法第21條及第30條對校務基金之監督機制，「年度決算實質短絀」為校務基金執行缺失或異常事項之一，若校務基金發生年度決算實質短絀，教育部得命學校限期改善。而年度決算實質短絀，指學校年度收支餘絀依一般公認會計原則須調整加回國庫撥款購置資產所提列之折舊、折耗及攤銷費用後，仍為短絀之情形。
詢洽教育部衡量年度決算實質餘絀之計算方式，係決算餘絀加回「不計入餘絀計算之折舊、攤銷費用」，再減去「本年度遞延收入轉列收入金額」，以反映大學校院校務基金營運及財務運作績效。其中「不計入餘絀計算之折舊、攤銷費用」包括代管資產之折舊費用，政府補助款及民間捐贈指定用於資本支出所增置資產之折舊費用，與其他財源增置資產之折舊費用乘以最近5年國庫撥款增置之比率。
(二)113年度校務基金整體決算雖為短絀，然經調整計算則為實質賸餘，且較112年度決算實質賸餘增加，允宜研議檢討適當揭露，以利外界檢視校務基金之實質餘絀
國立大學校院校務基金113年度整體決算短絀共計30億654萬8千元，47所校務基金僅9所為決算賸餘，如據上開方式加計折舊、攤銷等費用後，共45所校務基金為決算實質賸餘，決算實質餘絀合計57億5,336萬7千元，較112年度之56億2,043萬9千元，增加1億3,292萬8千元(增幅2.37%，詳表1)，鑒於教育部係以年度決算實質餘絀做為評估校務基金營運及財務運作績效之一，為便於衡量校務基金是否有執行缺失或異常情形，允宜研議檢討揭露校務基金之實質餘絀，以利外界檢視評估校務基金之績效。
表1 國立大學校院校務基金112及113年度決算餘絀及實質餘絀概況表
單位：新臺幣千元
學校名稱
112年度
113年度
決算餘絀
實質餘絀
決算餘絀
實質餘絀
合計
-3,209,635
5,620,439
-3,006,548
5,753,367
臺灣大學
24,422
833,082
400,286
1,154,559
政治大學
31,935
230,026
76,473
255,871
清華大學
-145,108
365,953
-214,341
298,046
中興大學
-430,169
22,477
-326,590
112,898
成功大學
-104,334
422,962
-138,428
450,250
中央大學
-198,402
53,425
-225,888
28,028
中山大學
-171,485
343
-239,772
156
中正大學
-278,230
65,086
-286,304
55,118
臺灣海洋大學
-146,759
3,539
-224,274
-82,227
東華大學
-192,584
26,971
-216,236
9,758
暨南國際大學
-52,874
79,503
-21,573
107,675
臺北大學
2,637
70,360
1,438
68,398
嘉義大學
7,763
84,985
-11,797
64,787
高雄大學
-98,574
1,815
-97,935
105
臺東大學
-135,253
46,403
-132,138
40,569
宜蘭大學
1,224
174,894
-12,143
153,208
聯合大學
5,410
118,134
577
112,225
臺南大學
-53,501
6,103
-25,487
29,008
金門大學
16,316
83,415
6,996
45,322
屏東大學
-39,848
74,706
-29,381
75,687
陽明交通大學
-299,184
227,964
-346,250
162,851
臺灣師範大學
-32,118
220,851
-19,968
223,331
彰化師範大學
-93,181
33,419
-62,060
61,426
高雄師範大學
-79,503
21,165
-51,663
68,366
臺北教育大學
8,561
59,056
14,170
63,888
臺中教育大學
-13,746
48,086
-11,147
57,164
臺北藝術大學
-7,568
61,648
-46,928
28,396
臺灣藝術大學
43,456
179,771
111,506
216,504
臺南藝術大學
-22,286
26,272
-15,332
39,348
空中大學
113,157
123,834
144,905
156,027
臺灣科技大學
-34,477
213,864
-47,722
203,425
臺北科技大學
20,234
362,365
-7,682
349,422
雲林科技大學
-151,483
77,870
-112,015
97,631
虎尾科技大學
-171,870
33,803
-179,538
23,020
屏東科技大學
-92,475
35,946
-93,133
32,345
澎湖科技大學
-60,774
22,435
-79,439
5,006
勤益科技大學
-46,496
102,314
-124,233
32,299
臺北護理健康大學
23,705
107,429
-1,896
84,988
高雄餐旅大學
-61,719
22,404
-92,479
-9,680
臺中科技大學
8,584
127,724
-7,686
106,568
臺北商業大學
45,824
134,406
15,543
130,305
高雄科技大學
-151,797
408,870
-146,386
418,496
體育大學
-59,600
45,829
-14,488
56,107
臺灣體育運動大學
-47,854
48,805
-46,894
55,008
臺灣戲曲學院
15,722
80,444
25,135
84,582
臺南護理專科學校
-25,882
28,741
-27,228
24,952
臺東專科學校
-79,451
942
-67,123
2,154
說 明：1.各校餘絀數與合計數之差異係進位尾差。
2.實質餘絀僅查填國立大專校院(不含附小及研究學院)。
資料來源：教育部提供。
綜上，國立大學校院校務基金113年度決算雖為短絀，如調整加回折舊、折耗及攤銷等費用後整體為實質賸餘，且整體實質賸餘較112年度增加，為便於衡量校務基金是否有執行缺失或異常情形，允宜研議檢討適當揭露，以利外界檢視校務基金之實質餘絀。