研究發展是「產業創新」與「產業再造」之關鍵，唯有公司持續致力於研究發展，才能提升能量面對激烈的競爭環境，進而提升我國產業競爭力。
為鼓勵公司積極投入研究發展，「產業創新條例」第十條訂有「研發投資抵減」，並授權經濟部會同財政部訂定「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，讓公司得向主管機關申請將其研發支出金額之15%抵減當年度營利事業所得稅。
產業創新條例並明文規定，無論農業、工業或服務業等行業皆可適用。是故，「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」之租稅獎勵對象應同其旨趣，廣泛適用於各行各業。
惟，依據經濟部與財政部共同制定之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」第2條要求公司的研發必須具備「高度創新」才能適用投資抵減。因此中小企業申請研發投資抵減難與大企業競爭，而多未能享受政府所賦予之研發租稅獎勵。
舉例而言，本周二(11日)之「中小企業發展條例公聽會」中，與會業者反應，其研發創新能力屢受肯定，並獲得許多國家級創新獎項，例如經濟部的「研發創新獎」、「國家磐石獎」、「工業精銳獎」等，但當其向政府申請產創條例第十條的「研發投資抵減」時，卻全數被否決，顯見「高度創新」對中小企業並不友善。
況且，大型企業本身具備較強之財力，中小企業才是政府應予專注之鼓勵研發對象！但現行的產創條例第十條卻反其道而行，漠視中小企業之研發創新。就此，經濟部與財政部應深入了解中小企業之研發特性，修正「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，而讓中小企業更易享受研發投資抵減優惠！
此外，台灣服務業占GDP比重將近七成，行政單位卻長年忽視提高服務品質之重要，2009年服務業之研發投入也僅占GDP之0.2%，遠遜於美、日、新加坡等國。又，依經濟部資料顯示：99年度研發活動審認申請之1295家中，只有3家是批發零售業。絕大多數之服務業、文創業等產業均因「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」係從製造業、高科技產業的角度制定，而難以享有研發投資抵減優惠。
據媒體報導，經濟部將研擬「商業服務業發展條例」草案，為服務業爭取研發投資抵減優惠，惟制定新法緩不濟急，實際上只須經濟部與財政部依據服務業之特性，修改現有「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，即可解決服務業者「看得到卻吃不到」的問題。
另外，「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」第12條規定事業必須向「中央目的事業主管機關」申請投抵獎勵。故經濟部應積極與各相關部會溝通及合作，制定受理流程與認定標準，並廣為宣導，以鼓勵各行各業投入研發。
為了落實產創條例鼓勵產業創新之目的，主管機關經濟部應全面檢討修正「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，針對不同產業規模及類別之特性，設定類型化創新門檻及支出認列標準，使各產業皆能受惠，全面帶動我國所有產業升級發展。
