去年六一二水災造成安南區淹水不退，立委唐碧娥更親自運送救災物資給安南區民眾，了解民眾心聲，在多次向行政院長要求之後，唐碧娥立委終於替台南市爭取到治水預算。唐碧娥委員表示，既然有了預算，工程當然也要加速進行，為了確保安南區民眾早日脫離水患困擾，立委唐碧娥在質詢水利署長陳伸賢時特別要求安南區治水工程限期完工，水利署長表示，最快後年開始，安南區民眾將可免於水患之苦。
安南區治水工程分為「興建鹿耳門抽水站」及「曾文溪排水出口下游瓶頸段整治」兩項，其中斥資兩億的鹿耳門抽水站屬於「易淹水地區水患治理計劃」辦理範圍，將在年底前發包施工。由於鹿耳門抽水站是行政院長蘇貞昌於四月三十日與唐碧娥立委訪察安南區之後所允諾的治水政策，為此唐碧娥委員在九日的經濟委員會質詢時，特別要求水利署不要辜負政院及百姓的期盼，能將鹿耳門抽水站及河岸整修工程一起進行並儘早完工，以解決安南區的淹水問題。
另外曾文溪整治部份，原先水利署預估工程經費約需76億元，由於中央無法提撥如此高額預算，為尋求解決方式，立委唐碧娥在七月召開「安南區淹水防治公聽會」等多次會議，並在十月份向行政院長蘇貞昌質詢之後，政院最後決定以「曾文溪排水出口下游瓶頸段整治」工程來治水，總經費也降為五點五億元。由於該工程較為浩大，相關預算將分兩階段進行，第一階段於96年度編列3.69億元，97年度再編列2.05億元，唐碧娥立委特別要求水利署能於98年底完成相關工程施工，以利安南區民眾早日脫離水患的夢魘。
唐碧娥委員表示，台南市淹水問題是最急迫需要解決的。除了鹿耳門抽水站及曾文溪排水系統整治工程，經由唐碧娥立委爭取經費的喜樹抽水站及柴頭港溪排水工程也正準備進行發包。而水利署長陳伸賢在回覆唐碧娥立委的質詢時表示，安南區治水工程預計明年底完工，後年起安南區的民眾將免於水患所苦，未來水利署也將多與地方進行治水相關會議，研商最有效整治的方案，讓台南市民有個美好的生活環境。
