南科減振案，在廖本煙委員與黃宗源委員長期追查下，終於獲得檢調單位的注意，開始調查。廖本煙委員強調「理性問政，爆料有據」，將收集的資訊交給檢調，相信司法，協助辦案，希望能對其他立委同事帶起示範作用。而針對國民黨部分立委無限上綱，總希望將任何弊案與陳總統掛勾的做法，深表遺憾，並強調南科減振的問題是國民黨時代所遺留下來的。
廖本煙委員同時肯定蘇院長除弊的決心，廖委員於2月21日總質詢時，曾將相關資料交給蘇院長，蘇院長允諾會辦理調查，政府有如今的成績，廖委員感到非常欣慰，同時也為蘇貞昌院長加油打氣！
有關南科減振一案，高等行政法院於4月6日有最新的判決，確定國科會的一些行政程序的確有違國家法律，相關負責官員應該站出來說明白。
對於減振案，國家編列87億巨額預算，廖本煙委員本於把關預算的職責，一直有所質疑：國科會為何執意要進行「南科減振」計畫？「減振工法規劃技術服務案」中，相較於第二名競標公司所提出18.5億的工程金額，為何評審會選擇工程款高達新台幣96億的廠商（兩家廠商金額相差近五倍）？該項計畫實際召集人究竟是誰？是誰決定評審委員?是誰決定決標廠商？國科會為何不照當初公佈審議標準評分？或是其他評選委員和廠商勾結？是否背後有國科會高層人士介入？
再者，關於「減振工法規劃技術服務案」決標過程中，投標各廠商之減振工法顯然「均」不能減振至48db以下，按正常程序國科會應廢標，再次重新招標，但為何國科會仍讓鴻華得標？國科會決定與服務案招標公告1.1相違，國科會明顯違反政府採購法第52條！
廖本煙委員又質疑：在第二階段評選工程標得標廠商時，迴避政府採購法公開招標程序，直接與技術顧問標得標廠商獨家議價。是否圖利特定廠商？由資本額僅2600萬之鴻華聯合科技公司來承包，鴻華聯合科技公司是化工公司，沒有營造業之執照，此案以研究發展項目發包規避工程採購法，是否有官商勾結？鴻華公司目前施工方式與競標時施工方式不一，減振牆深度寬度減半、材質物理狀態改變、連續壁減少一道，效果能否一致?國科會是否同意變更工法內容？是誰決定的？又國科會為何不尊重當初評審委員決定？若國科會能隨意更動評審委員決議，為何還要有「減振工法規劃技術服務案」招標案？
廖本煙委員又說：根據合約詳細價目表中各項細目，並比較一般市價，可發現決標單價與市價相較甚高！先就減振牆來說，連續壁部分比起市價高約5億；彈性減振牆則因塑料為鴻華專利，無從查證。基礎加勁工程部分，連結器比市價貴四倍，總計高估約15億，並可能因鴻華變更設計，再提高5億，相加總計達25億以上！國科會為何以獨家議價方式任憑鴻華宰割，是誰做的決定？是否有官商勾結？
國科會與工程得標廠商合約書當中，針對無法達到減振效果的違約金部份，國科會最高僅要求新台幣四億三千八百萬元，僅佔總工程金額約5％，且保證期只有五年，縱使完工後全無減振效果，扣除中華工程顧問公司四億元的管理費與該違約金，得標廠商仍能得到高達78億的工程款。如此極不平等的契約，廖本煙委員質疑：為何國科會仍願意訂約？是否有官商勾結？又鴻華是否能因施工變更，推諉責任！
廖本煙委員再質疑：為何當初要求高鐵縮短跨距以達減振要求，高鐵因改變設計而拒絕，高鐵現今卻允許鴻華公司在其主體工程下施工，南科減振工程也有高鐵五虎－「長鴻營造」參與其中，國科會與高鐵公司溝通是否出了問題？再者，招標過程中，出現許多重大瑕疵，本人要求國科會相關負責官員應該站出來說明白，政府對相關違法失職人員應予嚴懲。
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