馬英九520就職演說表示，希望和對岸在「九二共識」基礎上儘早恢復協商，中共國台辦回應也給予善意回應，兩岸兩會恢復協商近期可望舉行。兩岸兩會協商談判議題包羅萬象，在農業議題上，主要以取締中國內地仿冒台灣農產品以及農業品種技術外流等兩大議題為主。這兩大議題都牽涉兩岸智慧財產權保護機制之建立，包括：儘早落實台灣水果標章在中國之認證、農業公部門之品種與技術在中國申請專利權等。
一、落實水果標章認證，避免台灣水果在中國遭仿冒
中國自2005年8月開放台灣15種水果零關稅進入後，由於台灣水果品質好，價格較高，市面上即出現多起仿冒案件，將廣東、福建及海南島所生產的水果，以「台灣水果」名義在-中國主要城市銷售，嚴重影響我國農產品之聲譽與農民權益。
根據估算，目前台灣水果在中國大陸遭仿冒問題十分嚴重，估計每年至少有3至4萬公噸的台灣水果遭對岸仿冒（台灣水果在中國遭仿冒數量約達10倍之多，以每年出口中國約3至400個貨櫃計算，每個貨櫃10公噸，則台灣每年外銷中國水果約3至4千公噸。亦即在中國仿冒台灣水果數量約有3至4萬公噸）。
農委會委託外貿協會設計之水果標章以「台灣鮮果」為名，目前正向中國商務部商標局辦理登記註冊中。倘若此標章得以完成認證登記，將是台灣在中國大陸完成之首次官方標章認證，將具有相當的代表意義。另外，台灣省農會也同步設計「台灣珍果」標章，也已經向中國官方辦理登記註冊中。落實在中國大陸之品牌標章，對於保障台灣水果在中國之品質與價格均具有相當正面的助益。
二、建立保護機制，避免台灣農產品種技術流失
台灣農業技術與管理超越中國大陸許多，但中共利用農業合作名義吸引許多台灣專業人士前往投資（海南省尤其嚴重），使得台灣農業品種技術大量移植對岸。對岸再大量種植後外銷國外或回流台灣，反而成為台灣農業的強大競爭對手。
因此，對於台灣農產品技術外移上，實有必要訂定相關的保障機制，由我政府與中共官方協商，就品種權與智慧財產權之申請，和中方達成共識，以保障我方之農業技術外移不被仿冒。
針對目前台灣農產品登陸所面臨迫切需要解決的兩大問題，在防止仿冒方面，建議馬英九新政府可以要求對岸商務部商標局加速我國有關水果標章之審查作業流程，以及落實中國大陸內部有關於取締仿冒之「打假」行動。在防止品種技術外流上，首先，要請國民黨團能儘速通過國科會所通過的「敏感科技保護法草案」，讓農委會對於民間品種技術外流之管制有法源依據；其次，就農委會公部門研發之品種、種苗與技術，無法在中國申請相關智慧財產權保護之機制，呼籲馬政府上台後應該正視此台灣農業競爭力問題，早日促成台灣在中國智慧財產權之申請註冊。
