原住民立委楊仁福為保障平地原住民自治權利，建議行政院及原住民族委員會以雙軌化方式進行原住民自治，換言之，除了目前設立原住民自治區之規劃以外，應另對無法設立自治區之平地鄉與都會區原住民立法給予自治事項，使他們也可以實現原住民自治成效。
楊仁福10月1日針對原住民自治問題對行政院院長吳敦義提出質詢，楊仁福表示，近十多年來，各界為原住民自治究應採原則性立法或實質性立法？始終各有爭論。在行政院近日通過「原住民自治法草案」後，再度引起原住民關心及討論。
楊仁福表示，原住民共有五十一萬多人，原住民族共有十四族，但目前的行政院版原住民自治草案卻大部分圍繞在山地原住民的自治，沒有認真考量平地原住民的自治；雖原民會強調院版草案是「可以實踐、可以操作」，也是目前行政團隊在讓利後的最大公約數。但楊仁福認為，院版草案對與漢族共同生活的原住民族第一大族阿美族、及族人更少的邵族、撒奇萊雅族、噶瑪蘭族、卑南族相當不公平。
楊仁福也針對行政院對原住民自治區設立的程序提出質詢，他認為院版草案第9條明定原住民各族自治籌備工作時，應會同自治區在地的鄉(鎮市區)公所聯合發起成立自治籌備團體，並應經該鄉(鎮市)民代表會及直轄市議會同意之規定，這二個關卡形同是平地原住民設立自治區之阻礙。因為，原住民地區只要遇到公所抵制或代表會、市議會不同意，就無法設立自治區；以花蓮縣為例，除了三個山地鄉及原住民人口比例較高的豐濱鄉之外，其他平地原住民鄉鎮市根本沒有自治機會。
所以，楊仁福建議，應採雙軌化方式進行原住民自治，就是除了院版目前規劃55個原鄉自治區設立之方式以外，應該再另設一種方式讓無法設立原住民自治區的都會區原住民、平地鄉原住民，能夠在現有的鄉(鎮市區)架構下，立法賦予原住民自治事項，由鄉(鎮市區)公所原民課執行，如此，既不會衝擊地方體制現況，也可以達到所有原住民族自治效果。
另外，楊仁福除質疑院版草案避談原住民傳統土地問題之外，也質疑原住民自治區不可以參與統籌分配款，也沒有地方稅及國稅的分成，未來自治區要如何運作？雖院版草案規劃了「特別收入」，卻忽略平地原住民地區無水源水權費、水源保育及回饋費、礦產權利金、山坡地開發利用回饋金、國家公園之情況，未來極可能造成自治區有貧富之分。
行政院院長吳敦義則表示，過去自治因困難度高，所以只聞樓梯響，不見人下來，現在只能先綜合主客觀因素，不可能一步到位；由於山地鄉自治的困難度較花蓮市等平地鄉為低，比較能先行試辦，而後再逐步調整，來達到楊仁福期待的高度自治目標。
