為讓花蓮車站升格成與台北、台中及高雄站並列的第四個特等站，民進黨立委蕭美琴長期關切並力推由二十八位委員共同連署提案之「交通部台灣鐵路管理局所屬分支機構組織通則第二條條文修正草案」，此案並於3月21日交付交通及司法法制委員會聯席審查。今(18)日上午交通及司法法制委員會聯席會議則是通過升等修法。會中經討論後決議，北、中、南、東地區優先設各一個特等站。
蕭美琴表示，今年初就已多次質詢並要求交通部長葉匡時及台鐵盡快通過升等案，但此案卻延宕一年至今還未實現，令人遺憾。為此，蕭美琴認為，既然交通部也支持升等案，組織通則雖送至行政院，但送回立院卻遙遙無期，此案應分兩階段處理，今天先通過花蓮站升等案，後續再一併處理行政院版本。蕭美琴指出，花蓮站營業額全國第二高，肩負東部重要的交通運輸角色，包括蘇花公路中斷期間提供農產品及貨品運輸等功能，交通部除強化硬體建設，應盡快讓花蓮站順利升格，讓編制人力員額預算增加。對此，交通部次長范植谷回應表示，升等案已有共識，會配合通過這項提案。
本次會議在司法法制委員會召委吳宜臻主持下，通過由吳宜臻、蕭美琴、尤美女、廖正井、呂學樟、鄭天財及王廷升等7名委員提案之交通部臺灣鐵路管理局所屬分支機構組織通則第二條修正動議，「北、中、南、東地區優先設各一特等站，其餘特等站、一、二、三等站，簡易站及招呼站等各級車站，依車站營收、客運量、貨運量、行車運轉業務量等因素，由本局訂定之。」
此外，針對周刊報導花東鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化工程嚴重延宕且工程品質堪慮，蕭美琴首先在交通及司法法制委員會聯席會議質詢交通部次長范植谷，對於外界質疑的工程發包疑點，交通部應立即主動徹查是否涉及弊案。她並痛批，交通部5月早就知道工程會延宕，加上自強隧道屢次坍方，但之前都不承認，還粉飾太平稱時程照常；甚至馬英九6月8日視察自強隧道工程時還承諾工程預計2013年底完工，2014年春節後正式通車，交通部顯然是「一派胡言、欺上瞞下」。
蕭美琴說，今年多次在交通委員會質詢並要求工程進度，也曾親赴自強隧道會勘嚴重的坍方問題，交通部相關單位當時都保證工程進度如期、不會延誤，能因應明年春節疏運需求。但根據今天的周刊報導內容，顯示工程延宕不只是自強隧道的問題，而是讓一個沒有任何鐵路電氣化工程經驗的公司負責開挖工程導致，相關單位必須負責；此外，交通部為了兌現馬英九競選支票，竟不顧工程安全，罔顧花東居民生命財產安全，令人遺憾。
為此，蕭美琴也與立委劉櫂豪、李昆澤、葉宜津召開記者會指出，花東鐵路電氣化工程存在安全疑慮，自強隧道曾發生多次坍方，讓鐵工局決定讓電氣化路線改走舊的隧道，主要是因為新自強隧道含地質脆弱等工程安全問題，原路線已不可行。但面對潛在危險問題，工程進度事小，安全問題嚴重，尤其花東地區地震頻傳，地質又脆弱，為此，她也要求電氣化工程一定要在安全無虞情況下才能通車，以保障所有搭乘旅客的安全。
對此，交通部次長范植谷在交通及司法法制委員會聯席會中答詢表示，根據鐵工局的報告，鐵工局已在上個月的交通部記者會中宣布明年6月才能通車。至於對自強隧道坍方情形，范植谷稱工程顧問公司都有掌握，當初也提出很多的替代方式與工法，經過長時間研究後認為不可行，後來才會選擇利用舊的隧道替代來達成通車。面對工程發包爭議與質疑，范植谷則說，針對重大工程，工程會已頒布一套新的招標方式，包括過去執行工程的履歷等都會嚴謹審查；至於面對質疑，後續會交由相關單位主動了解與調查。
