立法院經過兩屆的努力，朝野對於行政院組織法的部會數已達成初步共識，從原本的「十三部四會」增為「十五部六會」。所增加的兩個部級機關除了退伍軍人事務部外，在本人的堅持下，科技部亦獲得朝野共識列入其中。明天立法院將再度舉行行政院組織法的協商，若無意外，本會期將三讀通過。
在朝野各版本中，本人的版本是唯一有「科技部」的設置，但嚴格說來並非「新增」，而是為了迎合二十一世紀全球高科技之挑戰，目前綁手綁腳的法令以及多頭馬車，疊床架屋的政策與預算均會成為未來高科技競爭之絆腳石。在全球化競爭的時代裡，台灣是否能順利轉型，已成為生存與淘汰之關鍵時刻，因此以原有的國科會為架構，將目前散處在各部會現有的科研單位與科技產業加以整合統一事權，以順應全球化與國際化的腳步，提昇科研單位創新能力及產業的高值化。
行政院組織改造之目的，正是要尋求突破現有國家發展之瓶頸，檢討目前所屬機關的現況，以創新的概念去蕪存菁，創設更符合時代趨勢的公權力機關。根據目前行政院規劃的版本，將設立國家發展及科技委員會，其下設一科技發展處；換言之，科技發展主管機關將淪為三級單位。以這樣的層級與所賦予的權責，不要說是提昇國家未來競爭力，就算是維持目前的地位都令人質疑。因為未來的科技發展將分散在各部會，沒有一個同層級的部會負責整合，譬如科學園區將納入經濟部，假以時日恐將與其他一般工業區同化，久而久之將失去原有之優勢與競爭力。
本人力主科技部應成立，有其客觀上之需求。依據主計處設定數，明年公共支出規模新台幣1兆 9317億元，其中，政府投資4283億元，公營事業投資1871億元，政府消費1 兆3162億元；而為發揮激勵國內需求及提升生產力的政策效應，科技預算成長19.7%，占GDP3%。由數據顯示，科技預算將大幅成長，其未來發展潛力不可言喻。而行政院長謝長廷前些日子在蛋白質結構鑑定核心設施的啟用典禮上表示，95年度整個國家的預算規模縮小，但是科技研發經費增加，大約843億，可見科技發展確實為國家整體發展重點。
綜觀鄰近國家的經驗，亞洲金融風暴之際，韓國首當其衝，全國上下視之為國恥，然而幾年來的勵精圖治，卻也展現出令人驚豔的經濟發展風貌；「韓流」不僅席捲亞洲諸國，也在歐美廣受矚目。台灣曾慶幸倖免於亞洲金融風暴，但是，近年來的經濟發展卻呈現疲弱的態勢。兩相對照，台韓經濟成長動力的消長，隱然若現。事實上，單在二○○二年韓國全國研發經費就大幅成長了14．7％。從產業面來細微觀察，在DRAM產業，台韓纏鬥多年，相對於韓國三星在DRAM可以掌握自主技術、不斷推升新世代技術的發展、擁有品牌，台灣的DRAM廠卻深深仰賴外國技術，實質上淪為DRAM的代工廠。通信產業亦是如此，韓國三星手機已行銷世界，而台灣的手機業仍以代工業務為主。
有鑑於中國大陸在經濟及科技上的崛起態勢，韓國科學技術評價院的一份報告就直指韓國在持續提升科技投資規模與效率的重要性。而韓國科技產業近年來之所以能大幅邁進，主要就是成立科技部來整合科技發展事項；除了由科技部負責執行層面，另外在決策面由總統親自擔任國家科技委員會的主席，科技部部長擔任秘書長，跨部會規劃科技政策、決定重點科技發展順序及預算分配。
反觀我國，政府口口聲聲說重視科技發展，各項數據也顯示科技預算在總預算當中比例日趨攀升，但在組織層級方面若依行政院版本卻不升反降，實在難收政府改造之實質效果。政府組織再造工程涉及政府行政效能及國家競爭力的提昇，依瑞士洛桑管理學院（IMD）的評估標準來看，若能以前瞻的格局將「科技部」及符合聯合國所提倡「性別主流化」意旨之「性別及社會平權委員會」置入行政院組織法修正案中，讓「科技發展」與「人文關懷」並行不悖，則此次政府組織再造工程將更臻完善。除能符合現今國家需求與世界潮流外，相信國際評等機構會給我們更高的評比。
